蛋白組學(xué)的思路——之前時公司做的，已經(jīng)分析過了，我只是嘗試自己做一下。
1、得到蛋白原始數(shù)據(jù)，raw
2、搜庫，用各種軟件，自己體會的時MaxQuant，但是還沒這個水平，最終放棄。參考http://m.itdecent.cn/p/1bcd7dcd99f0，但是該沒那么簡單，公司用的軟件時Proteome Discoverer，收費(fèi)，數(shù)據(jù)庫用的Uniport的。
3、得到匹配數(shù)據(jù)，然后不同組比較，得到fold-change（變異系數(shù)），這個就是log2（B/A）就是B相對于a的變異系數(shù)，這次試驗(yàn)取的是大于1.2或者小于0.83（0.83就是1.2的倒數(shù)）的蛋白，這就是差異蛋白了，實(shí)際上所選擇的就是小于-0.27的為表達(dá)下降，大于0.27的就是表達(dá)上升，變異系數(shù)一般也可以選擇1.5與0.6或者2與0.5，根據(jù)差異蛋白多少決定，200-500個蛋白比較合適。
4、GO富集分析與KEGG富集分析
具體的GO分析參考GO富集分析（轉(zhuǎn)載）
[基因組學(xué)]使用biomaRt做水稻ID轉(zhuǎn)換及相關(guān)信息的填充
富集分析其實(shí)就是將差異蛋白進(jìn)行注釋，然后看差異蛋白在GO數(shù)據(jù)庫與KEGG通路的不同Term下的多少與分布情況，然后繪制散點(diǎn)圖熱圖柱狀圖。（定義不準(zhǔn)確，還要多學(xué)習(xí)）
KEGG參考這里https://zhuanlan.zhihu.com/p/107225881?utm_source=cn.wiz.note
還有一些沒弄明白的，比如火山圖聚類分析熱圖等。
