歡迎關(guān)注公眾號(hào)oddxix
1.技術(shù)原理
在人類(lèi)基因中大約有180,000個(gè)外顯子，占人類(lèi)全部基因組的1%，約30MB。人類(lèi)基因組的蛋白編碼區(qū)大約包含85%的致病突變。外顯子組測(cè)序（Whole Exome Sequencing,WES）是利用探針雜交富集外顯子區(qū)域的DNA 序列，然后通過(guò)高通量測(cè)序，主要識(shí)別和研究與疾病、種群進(jìn)化相關(guān)的的編碼區(qū)及調(diào)控區(qū)域（Untranslated Regions ,UTR）相關(guān)遺傳突變的技術(shù)手段。結(jié)合大量公共數(shù)據(jù)庫(kù)提供的外顯子組數(shù)據(jù)，有利于更好地解釋變異之間的關(guān)聯(lián)和疾病的致病機(jī)理。
捕獲效率和捕獲區(qū)間會(huì)對(duì)外顯子組測(cè)序技術(shù)產(chǎn)生影響。捕獲效率是指目標(biāo)區(qū)域外顯子占探針實(shí)際捕獲道德區(qū)域大小的比例，此數(shù)據(jù)是評(píng)價(jià)試劑盒效率的重要指標(biāo)。如果試劑盒的捕獲效率很低，探針會(huì)捕獲到很多外顯子以外的區(qū)域，導(dǎo)致測(cè)序數(shù)據(jù)的浪費(fèi)。
目前市場(chǎng)上外顯子捕獲試劑盒有很多款，主要以Aglent公司的SureSelect,IIIumina公司的Nextera和Roche的NimbleGen為主，另外還有Life的lon AmpliSeqTM Exome Kit. 然而，每款試劑盒都不能完全捕獲所有的外顯子，即使是幾款試劑盒組合使用。以下是市場(chǎng)上常見(jiàn)的外顯子捕獲試劑盒各項(xiàng)指標(biāo)的介紹：
國(guó)際主流外顯子捕獲平臺(tái)為Agilent SureSelect XT(單樣本捕獲)和Nimble GenSeqCap EZ（多樣本捕獲）。15年《Nucleic Acid Research 》 刊登的瑞士心血管遺傳和基因診斷中心的一項(xiàng)研究表明：Agilent SureSelect XT在Mapping、覆蓋率、SNP檢出的準(zhǔn)確性以及捕獲效率方面均為最優(yōu)，部分結(jié)果展示如圖：
2.技術(shù)平臺(tái)
3.實(shí)驗(yàn)流程
標(biāo)準(zhǔn)信息分析：
去污染、去低質(zhì)量等過(guò)濾處理
數(shù)據(jù)產(chǎn)出的統(tǒng)計(jì)
外顯子區(qū)域測(cè)序深度的直方分布圖
SNPs的檢測(cè)
SNPs的注釋
插入和缺失（Indels）的檢測(cè)
插入和缺失（Indels）的注釋
4.個(gè)性化信息分析：
氨基酸替代的預(yù)測(cè)分析
群體SNP的獲取和等位基因頻率評(píng)估
Mendelian disorder analysis 孟德?tīng)栠z傳疾病分析
基于新一代測(cè)序技術(shù)的全基因組關(guān)聯(lián)（NGS-GWAS）分析
外顯子融合分析
基因融合
5.技術(shù)特點(diǎn)及應(yīng)用領(lǐng)域
技術(shù)優(yōu)勢(shì)
1.高性價(jià)比：與全基因組相比，人全外顯子組測(cè)序覆蓋深度更深，數(shù)據(jù)準(zhǔn)確度更高，更加經(jīng)濟(jì)高效
2.高測(cè)序深度：測(cè)序深度可以到達(dá)120x以上
3.高通量：滿足大量樣本多個(gè)目標(biāo)區(qū)域的研究
4.高精確度：測(cè)序覆蓋深度深，數(shù)據(jù)準(zhǔn)確性高且高效
常見(jiàn)問(wèn)題
參考文獻(xiàn)
- 高通量測(cè)序與大數(shù)據(jù)分析-醫(yī)學(xué)篇-人類(lèi)基因組研究.pdf
轉(zhuǎn)載請(qǐng)注明出處
簡(jiǎn)書(shū)作者：oddxix
微信公眾號(hào)：oddxix
如果覺(jué)得寫(xiě)的不錯(cuò)記得點(diǎn)個(gè)贊哦
若有錯(cuò)誤或更好的建議請(qǐng)后臺(tái)指出
感謝您的支持與關(guān)注
祝好！
