Summary

String數(shù)據(jù)庫:?https://www.string-db.org

是研究網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)中蛋白質(zhì)相互作用的一個(gè)常用數(shù)據(jù)庫，截止今天，已經(jīng)更新到11.0版本。

整個(gè)網(wǎng)頁界面清爽，簡潔，很易上手。左側(cè)導(dǎo)航欄為我們提供多種檢索方式，可以按照單個(gè)蛋白名稱，序列，也可以按照多個(gè)蛋白名稱及序列。

接下來，我們通過示例去體驗(yàn)下String數(shù)據(jù)庫檢索蛋白交互關(guān)系操作流程。這里，我們將使用“Multiple proteins”，對(duì)多個(gè)蛋白進(jìn)行檢索其交互關(guān)系。首先在右側(cè)“List of Names”中將多個(gè)名稱輸入，這里如果數(shù)目太多，我們可以通過文件格式上傳，“Organism”輸入你所檢索對(duì)應(yīng)的物種，這里我們選擇人“Homo”,點(diǎn)擊“SEARCH”。跳出來的頁面有對(duì)檢索的蛋白逐條描述，點(diǎn)擊“Continue”,則會(huì)跳出PPI網(wǎng)絡(luò)。

點(diǎn)擊“Analysis”,我們可以看到該P(yáng)PI信息，包括多少節(jié)點(diǎn)，多少邊，以及對(duì)應(yīng)的GO和KEGG。

我們可以通過“Exports”將我們的結(jié)果導(dǎo)出，可以導(dǎo)出圖片以及表格等格式。這里我們點(diǎn)擊第一個(gè)或第二個(gè)，導(dǎo)出圖片格式，同時(shí)我們點(diǎn)擊第四條，導(dǎo)出TSV文件，接下來我們用該表格文件，導(dǎo)入Cytoscape軟件中進(jìn)行分析，預(yù)測高關(guān)聯(lián)的目標(biāo)分子。

點(diǎn)擊“File”，“Import”，導(dǎo)入我們通過String數(shù)據(jù)庫構(gòu)建的PPI.TSV。跳出如下界面，包含node1?和node 2，點(diǎn)擊“OK”。

利用插件，如“cytoHubba”計(jì)算得分，如根據(jù)“MCC”得分排列，選前幾個(gè)關(guān)聯(lián)度高的節(jié)點(diǎn)作為你的目標(biāo)分子。

點(diǎn)擊“submit”后，右側(cè)則顯示按照你的要求重新形成的PPI網(wǎng)絡(luò)，點(diǎn)擊“EXPORT”圖標(biāo)，則可以保存該圖片。

好了，今天的介紹就到此了，總體String數(shù)據(jù)庫簡潔明了，很容易上手。