本系列課程要求大家有一定的R語言基礎，對于完全零基礎的同學，建議去聽一下師兄的《生信必備技巧之——R語言基礎教程》。本課程將從最基本的繪圖開始講解，深入淺出的帶大家理解和運用強大而靈活的ggplot2包。內容包括如何利用ggplot2繪制散點圖、線圖、柱狀圖、添加注解、修改坐標軸和圖例等。

本次課程所用的配套書籍是：《R Graphic Cookbooks》

除了以上的基本圖形外，師兄還會給大家講解箱線圖、提琴圖、熱圖、火山圖、氣泡圖、?；鶊D、PCA圖等各種常用的生信圖形的繪制，還不趕緊加入收藏夾，跟著師兄慢慢學起來吧！

R語言繪圖練習02 -- 克利夫蘭點圖：

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# 柱狀圖拓展：克里夫蘭點圖繪制：
library(gcookbook) 

tophit <- tophitters2001[1:25, ]  # 取前25行； 

# 從最基本的散點圖出發(fā)
ggplot(tophit, aes(x=avg, y=name))+ 
  geom_point()

克利夫蘭點圖01

# reorder排序一定要熟練：前面柱狀圖排序講過：
ggplot(tophit, aes(x=avg, y=reorder(name, avg))) + 
  geom_point(size=3) + # 修改點的大小
  theme_bw() + # 修改背景
  theme(panel.grid.major.x=element_blank(), # 設置縱向網格線為空；
        panel.grid.minor.x =element_blank(),
        # 設置橫向網格線為虛線（dashed）；
        panel.grid.major.y =element_line(colour="grey60", linetype="dashed")) 

克利夫蘭點圖02

# 顛倒圖形的x軸和y軸；
ggplot(tophit, aes(x=reorder(name,avg), y=avg)) + 
  geom_point(size=3) + 
  theme_bw() +  
  theme(axis.text.x= element_text(angle=60, hjust=1),
        panel.grid.major.y=element_blank(),
        panel.grid.minor.y =element_blank(),
        panel.grid.major.x =element_line(colour="grey60", linetype="dashed"))

克利夫蘭點圖03

# 按照lg和avg對name進行排序，先按lg排，再按avg排；
nameorder <- tophit$name[order(tophit$lg, tophit$avg)] 
# 將name變量轉換為因子，因子水平設定為nameorder；
tophit$name <- factor(tophit$name, levels=nameorder)

## 繪制彩色克利夫蘭點圖：
ggplot(tophit, aes(x=avg, y=name))+ 
  geom_segment(aes(yend=name), xend=0, colour="grey50")+
  geom_point(size=3, aes(colour=lg))+ # 設置分組變量；
  # limits限定顏色先后順序；
  scale_colour_brewer(palette="Set1", limits=c("NL", "AL"))+
  theme_bw() + 
  theme(panel.grid.major.y =element_blank(), # 去除橫向網格線 
        legend.position=c(1, 0.55), # 設置圖例的位置：這里的1指的是與x軸的比例；
        # legend.justification=c(1, 0.5)表示圖例右邊緣中點；
        # （1，0）表示右下角，（0，1）表示左上角，以此類推；
        legend.justification=c(1, 0.5))

克利夫蘭點圖04

# 分面繪制：facet_grid()函數：
ggplot(tophit, aes(x=avg, y=name))+ 
  geom_segment(aes(yend=name), xend=0, colour="grey50")+
  geom_point(size=3, aes(colour=lg))+
  # guides去除圖例；
  scale_colour_brewer(palette="Set1", limits=c("NL", "AL"),guide = F)+
  theme_bw() + 
  theme(panel.grid.major.y = element_blank()) +
  # 一列多行：lg~.；行數等于lg的種類數目；
  # scales設置每個分塊的單位寬度；space設置每個分塊的寬度；
  facet_grid(lg~., scales="free_y", space="free_y")

克利夫蘭點圖05

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