接下來(lái)會(huì)花時(shí)間認(rèn)真學(xué)習(xí)和理解熱圖，這篇文章以后會(huì)成為導(dǎo)航，有興趣的朋友可以收藏下。

Author: Zuguang Gu ( z.gu@dkfz.de )

翻譯：詩(shī)翔

Date: 2018-10-30

復(fù)雜的熱圖可以有效地顯示不同數(shù)據(jù)集來(lái)源的關(guān)聯(lián)并揭示其可能的模式。這里ComplexHeatmap包提供了高度靈活的方式用來(lái)排列多個(gè)熱圖并支持自定義的注釋圖形。

通用設(shè)計(jì)

通常，一個(gè)熱圖列表包含多個(gè)單一的熱圖和行注釋。

熱圖設(shè)計(jì)模式圖

在熱圖列表周圍有熱圖和注釋的圖例和標(biāo)題。對(duì)于每一個(gè)熱圖，在熱圖主體周圍也有很多不同的元件。

ComplexHeatmap包是用面向?qū)ο蟮姆绞綄?shí)現(xiàn)的。為了描述一個(gè)熱圖列表，有不同的類：

• Heatmap： 一個(gè)單一熱圖，包含熱圖主體、行/列明、標(biāo)題、樹狀圖和列注釋
• HeatmapList：一個(gè)包含熱圖和行注釋的列表
• HeatmapAnnotation：定義行/列注釋的列表

也存在一些內(nèi)部類：

• SingleAnnotation：定義單一的行/列注釋
• ColorMapping ：將值映射為顏色

ComplexHeatmap是在grid系統(tǒng)下實(shí)現(xiàn)的，所以如果用戶想要充分利用該包需要知道基本的grid功能特性。

小冊(cè)子

該包有一些小冊(cè)子。每一個(gè)小冊(cè)子都聚焦一個(gè)特定的主題。下面列出了這些小冊(cè)子里面討論的主題：

1. 創(chuàng)建一個(gè)簡(jiǎn)單的熱圖

   介紹用戶創(chuàng)建一個(gè)單一熱圖的基本配置。跟其他包類似，基本的用法都是非常相似的，不過(guò)ComplexHeamtap包里面有一些獨(dú)特的特性。

   • 可以同時(shí)處理數(shù)值數(shù)值矩陣和字符串矩陣

   • 對(duì)于包含連續(xù)值得數(shù)值矩陣，該包允許創(chuàng)建設(shè)定更準(zhǔn)確顏色的顏色映射函數(shù)，對(duì)異常點(diǎn)有魯棒性

   • 高度靈活的聚類。你可以通過(guò)以下方式定義距離方法：

     • 預(yù)定義的方法，如 “euclidean” 或 “pearson”
     • 一個(gè)從矩陣中計(jì)算距離的自定義函數(shù)
     • 一個(gè)從兩個(gè)向量中計(jì)算距離的自定義函數(shù)

     你可以使用以下方式指定聚類方法：

     • 一個(gè)聚類函數(shù)，如cluster包中的 diana() 函數(shù)
     • 一個(gè)hclust 或 dendrogram 對(duì)象

   • NA 也被允許用戶聚類和熱圖可視化

   • 樹狀圖和維度名稱可以放到熱圖的任何邊角

   • 熱圖的行可以通過(guò)cutree、 kmeans 或一個(gè)包含熱圖不同水平的數(shù)據(jù)框進(jìn)行切分

   • 熱圖主題也可以完全自定義

2. 創(chuàng)建熱圖列表

   介紹如何聯(lián)結(jié)熱圖列表以及如何對(duì)熱圖進(jìn)行調(diào)整

3. 熱圖注釋

   介紹熱圖注釋的概念和闡述如何創(chuàng)建簡(jiǎn)單與復(fù)雜的注釋。同樣，該冊(cè)子介紹列注釋和行注釋的差異。

4. 熱圖和注釋圖例

   介紹如何配置熱圖和注釋的圖例以及自定義圖例

5. 熱圖修飾

   介紹熱圖生成后添加更多自定義圖形到熱圖的方法

6. 與熱圖交互

   如何選擇一個(gè)熱圖區(qū)域獲取子矩陣

7. OncoPrint

   如何創(chuàng)建一個(gè)Oncoprint

8. 例子

   該手冊(cè)包含更多模擬或真實(shí)的例子

在ComplexHeatmap文章的附件中有4個(gè)應(yīng)用于現(xiàn)實(shí)世界高通量數(shù)據(jù)集的完整實(shí)例， 它們可以在這里找到。

另外我的博客 有一些創(chuàng)建更好復(fù)雜熱圖的例子和技巧。