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1. SGA 簡介
SGA (String Graph Assembler), 采用 String Grapher 的方法來進行基因組的組裝。軟件通過創(chuàng)建 FM-index/Burrows-Wheeler 索引來進行查找 short reads 之間的 overlaps， 從而進行基因組組裝。
使用 SGA 的注意事項：
1 SGA 的輸入文件為 fastq 文件，序列長度推薦為 100bp 及以上。較短的序列長度，則使用 De Bruijn 的方法進行組裝能或得更好的基因組序列。
- 使用 SGA 進行基因組組裝需要最少 40X
按照github文檔安裝不成功，后來想到了萬能的conda，結(jié)果的確，直接安就可以了
conda install -c bioconda sga
但有時缺腳本，還是需要把附屬/bin/的下來
bin下的python腳本大多為 python 2.7
