生信軟件：phyml - 簡書 (jianshu.com)
Linux中$PATH詳解_雖遲但到灬的博客-CSDN博客_linux path
搞了半天，佛了，拜托不要漏掉關(guān)鍵的步驟阿喂，也有可能是我太新手了，可惡啊
下載安裝PhyML

wget http://atgc-montpellier.fr/download/binaries/phyml/PhyML-3.1.zip
unzip PhyML-3.1.zip
#設(shè)置環(huán)境變量，我不知道不設(shè)置的話能不能用，還沒試過
export PATH=$PATH:/路徑/PhyML-3.1/
echo $PATH  #查看環(huán)境變量，不過export是臨時添加，不是永久添加

然后使用phyml-3.1_linux64!沒有一個教程告訴我這件事，可惡

./PhyML-3.1_linux64 -i papertreetest2.phy -d aa -b 100 -m JTT -f m -v e -a e -o tlr

-i 輸入文件，一般是.phy文件，上一個文檔的MAFFT可以輸出
-d 數(shù)據(jù)類型，有nt,aa,generic
-b bootstrp次數(shù)，>70比較具有可信度
-m 替代類型
核酸：HKY85,JC69,K80,F81,TN93,GTR
氨基酸：LG,WAG,JTT,MtREV,Dayhoff,DCMut,RtREV,CpREV,VT,Blosum62,MtMam,HIVw,HIVb
-f 設(shè)置頻率計算的方法，有e(使用比對結(jié)果中不同氨基酸或堿基出現(xiàn)的頻率來計算),m(最大似然法計算堿基頻率),fA,fC,fG,fT(四個浮點數(shù)，表示四種堿基的頻率，僅適合核酸序列)
-v 設(shè)置不變位點的比例，0到1之間的一個值，或者使用e表示程序獲得其最大似然估計值
-a gamma分布的參數(shù)，是個正數(shù)，或者使用e表示程序獲得其最大似然估計值，在ProTest軟件給出的最優(yōu)模型中含有G時使用該參數(shù)
-o 參數(shù)優(yōu)化的選項，t表示對tree topology進行優(yōu)化，l表示對branch length進行優(yōu)化，r表示對rate parameters優(yōu)化，n表示都不優(yōu)化，tlr表示都優(yōu)化
暈乎乎

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