illumina儀器及基本參數(shù)

PacBio

單分子實(shí)時(shí)測(cè)序(Single Molecule Real Time, SMRT)公司，2018年已被illumina收購。

以下是一些三代測(cè)序名詞介紹

1.SMRT cell
類似于flowcell，單個(gè)SMRT孔含有一百萬個(gè)ZMW。
2.Zero Mode Waveguide (ZMW)
帶有微孔的納米光子元件，是SMRT孔中用于實(shí)時(shí)讀取序列的設(shè)備。
3.subread
每個(gè)序列會(huì)被多次讀取，因此產(chǎn)生了多個(gè)子序列，是由單個(gè)ZMW讀取的。
計(jì)算subread數(shù)目：即單個(gè)read被讀取的次數(shù)；如果模板為10Kb，讀取的read總長為10Kb，則subread為10。
4.Circular Consensus Sequence (CCS)
當(dāng)模板小于讀長時(shí)，則會(huì)從頭再次讀取。所有的subreads一起比對(duì)，獲得一個(gè)CCS read。

PacBio測(cè)序數(shù)據(jù)

原始測(cè)序結(jié)果為未比對(duì)的bam格式文件，名字是subreads.bam。

image.png

用于分析PacBio數(shù)據(jù)的程序

https://github.com/PacificBiosciences/
https://github.com/PacificBiosciences/Bioinformatics-Training/wiki
http://www.pacb.com/products-and-services/analytical-software/devnet/