前言
最近剛回來，發(fā)現(xiàn)實驗室服務器各種bug，首先apt升級了一些軟件，然后老版本的R 3.3.1升級到了3.6.1，于是乎出現(xiàn)以前安裝的包不能在當前版本用
package ‘scales’ was installed by an R version with different internals; it needs to be reinstalled for use with this R version
于是跟著更新了一下：
update.packages(checkBuilt=TRUE, ask=FALSE)
大部分都正常了，但是還是有些包沒法使用，只能再重新安裝了：
install.packages("tidyverse", clean=TRUE, dependencies=TRUE)
可是在安裝某些R包的過程中還是出現(xiàn)了一些錯誤，例如：
Error: package or namespace load failed for ‘haven’ in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...):
unable to load shared object '/home/luna/Desktop/Software/R-3.2.5/lib64/R/library/00LOCK-haven/00new/haven/libs/haven.so':
/home/luna/Desktop/Software/R-3.2.5/lib64/R/library/00LOCK-haven/00new/haven/libs/haven.so: undefined symbol: libiconv
Error: loading failed
Execution halted
ERROR: loading failed
removing ‘/home/luna/Desktop/Software/R-3.2.5/lib64/R/library/haven’
Error: package or namespace load failed for ‘readx1’ in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...):
Error: package or namespace load failed for ‘ tidyverse’ in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...):
解決
其實錯誤的根本是在R中安裝包的時候調用了系統(tǒng)安裝的非R的動態(tài)庫，在本地lib路徑( 不是 R 軟件包) 中有 libiconv.so，包含在 LD_LIBRARY_PATH 中，在 R 會話中驗證也可以發(fā)現(xiàn)
Sys.getenv("LD_LIBRARY_PATH")
具有該目錄。但是R 庫加載程序時無法找到這里共享對象，所以這個錯誤就是R包的非R依賴項的問題。
清洗器解決方法
使用withr::with_makevars，這個方法允許臨時控制Makevars內容，使用這個方式，可以直接從repo安裝R包：
withr::with_makevars(c(PKG_LIBS = "-liconv"), install.packages("haven"), assignment = "+=")
## or
with_makevars(c(PKG_CFLAGS = "-std=c11"), install.packages("plyr", repos = NULL, type = "source"), assignment = "+=")
要使用這個方法，只需要已經(jīng)安裝了withr，這個是devtools的依賴使用。
參考
dynamic-loading - 如何在 R 中指定動態(tài)庫加載的( 非 R ) 庫路徑？
—— dulunar 后記于 2019.11