RNA-seq分析簡(jiǎn)潔版,用重新下載的肝癌數(shù)據(jù)進(jìn)行從頭分析，包含了以下詳細(xì)過(guò)程的幾乎所有流程代碼和部分關(guān)鍵結(jié)果。同時(shí)，KEGG可視化部分用了ClusterProfiler的結(jié)果。并把counts結(jié)果，DEGs結(jié)果和gene symbols 全部整合到一個(gè)矩陣中。

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RNA-seq詳細(xì)分析過(guò)程，從軟件安裝到富集分析，完整流程鏈接如下：

• RNA-seq(1) :用conda安裝RNA-seq所需要的工具

• RNA-seq(2)-1:原始數(shù)據(jù)下載的幾種方法

• RNA-seq(2)-2:下載數(shù)據(jù)

• RNA-seq(3):sra到fastq格式轉(zhuǎn)換并進(jìn)行質(zhì)量控制

• RNA-seq(4):下載參考基因組及基因注釋

• RNA-seq(5):序列比對(duì)：Hisat2

• RNA-seq(6): reads計(jì)數(shù)，合并矩陣并進(jìn)行注釋

• RNA-seq(7): DEseq2篩選差異表達(dá)基因并注釋（bioMart

• RNA-seq(8): 探索分析結(jié)果:Data visulization

• RNA-seq(9):富集分析(功能注釋)

• RNA-seq(10):KEGG通路可視化:gage和pathview

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后記：下面接著前面的DEGs往下寫，主要有

• PPI網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建（Cytoscape）先提前看下co-expression的理論基礎(chǔ)和意義以及工具

• 關(guān)鍵基因篩選，也先提前看下關(guān)鍵基因和hub基因等的區(qū)別聯(lián)系等

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感謝生信技能樹，Hoptop，lxmic