LINCS(The Library of Integrated Network-Based Cellular Signatures)是NIH旗下的通過各種方式擾動(dòng)細(xì)胞（如敲出、過表達(dá)某些基因，但主要是藥物對(duì)細(xì)胞的影響），然后對(duì)比細(xì)胞擾動(dòng)前后細(xì)胞表達(dá)譜或其他的細(xì)胞進(jìn)程的數(shù)據(jù)庫(kù)。
主要包含以下幾個(gè)庫(kù)：
基于CMap的L1000庫(kù)
????L1000數(shù)據(jù)庫(kù)中包含約1,000,000個(gè)表達(dá)譜，主要是使用32855個(gè)小分子對(duì)99個(gè)細(xì)胞系處理，然后在384孔板里測(cè)978個(gè)landmark基因的表達(dá)譜。通過深度學(xué)習(xí)的方法，根據(jù)GEO數(shù)據(jù)庫(kù)已有的表達(dá)譜預(yù)測(cè)剩余12328個(gè)基因的表達(dá)量，官方說準(zhǔn)確率>85%，但有些文章還是只使用978個(gè)真實(shí)基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)。
Drug Toxicity Signature Generation Center(DToxS)
????DToxS先通過FEARS（FDA不良事件報(bào)告系統(tǒng)）搜索數(shù)百種藥物組合，發(fā)現(xiàn)了某些報(bào)告中第二種藥物能夠減緩第一種藥物的毒性，他們假設(shè)可以使用這些觀察結(jié)果來提高預(yù)測(cè)藥物誘導(dǎo)的毒性和藥物對(duì)緩解的能力。
????DToxS中心尋求 FDA批準(zhǔn)的藥物引起的不良反應(yīng)相關(guān)的細(xì)胞特征，以及通過聯(lián)合用藥來緩解這些影響。從來自不同細(xì)胞系獲得特征，既包括原代細(xì)胞，也包括誘導(dǎo)的多能干細(xì)胞，使用單一藥物和組合藥物處理細(xì)胞系。重點(diǎn)關(guān)注的是藥物引起的心臟毒性，肝毒性和周圍神經(jīng)病變。
DToxS目前公布了的數(shù)據(jù)：
也給出了處理后的結(jié)果文件，也就是某個(gè)藥物處理后的差異表達(dá)基因列表：
Liver Toxicity Knowledge Base (LTKB)
????肝毒性庫(kù)根據(jù)已上市藥物狀態(tài)以及藥物標(biāo)簽，將藥物分為三類：137個(gè)高肝損傷藥物(most-DILI-concern)，85 個(gè)低肝損傷藥物(less-DILI-concern)，65個(gè)無肝損傷藥物(less-DILI-concern)，且提供了一個(gè)基于java的可視化軟件，用于查詢和預(yù)測(cè)已知結(jié)構(gòu)藥物的肝損傷指數(shù)：
Drug Induced Liver Injury Rank (DILIrank) Dataset
????這個(gè)肝毒性藥物數(shù)據(jù)集除了上述的三個(gè)分類外，還包含了一個(gè)未確定分類（Ambigous-DILI-concern）：
1. 192 vMost-DILI-concern drug
2. 278 vLess-DILI-concern drug
3. 312 vNo-DILI-concern drug
4. 254 Ambiguous-DILI-concern drug
信號(hào)和表觀遺傳學(xué)的LINCS蛋白質(zhì)組學(xué)表征中心（PCCSE）
????30個(gè)藥物擾動(dòng)7個(gè)細(xì)胞系，然后測(cè)磷酸化位點(diǎn)、組蛋白修飾、RNA表達(dá)量來自L1000。
HMS LINCS
????HMS描述了細(xì)胞對(duì)干擾素的反應(yīng)的基本原理，特別是小分子激酶抑制劑，表觀基因組修飾劑和天然配體，如生長(zhǎng)因子和炎性細(xì)胞因子的水平。目前的研究主要集中在理解劑量和反應(yīng)之間的關(guān)系，細(xì)胞間變異的起源和意義，以及正常和疾病背景下藥物敏感性和耐藥性的分子基礎(chǔ)。
Microenvironment Perturbagen (MEP) LINCS Center
????MEP主要研究的是化合物對(duì)細(xì)胞微環(huán)境的改變，MEP-LINCS將使用新型微環(huán)境微陣列（MEMA）平臺(tái)來評(píng)估近3000種不同的微環(huán)境擾動(dòng)（MEPs）組合對(duì)特定生物和分子的影響，如細(xì)胞包括增殖，分化狀態(tài)和細(xì)胞周期等。
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