ATAC轉(zhuǎn)座子序列

ATAC文庫(kù)構(gòu)建通常借助Illumina的Nextera?（Illumina）試劑盒，然而Nextera文庫(kù)涉及的序列不同于其他形式的文庫(kù)。

ATAC試驗(yàn)的模式圖


Tn5切割

Tn5切割連接接頭序列

Tn5接頭序列


一、Tn5轉(zhuǎn)座酶切割開放DNA

Tn5轉(zhuǎn)座子切割相同的DNA片段并在片段兩端添加如下序列，其中加粗斜體部分緊挨著文庫(kù)的插入片段序列

序列如下:

5’ TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAG

Read 1 ——>

5’ GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAG

Read 2 ——>

可以發(fā)現(xiàn)Read1、Read2部分序列一致： AGATGTGTATAAGAGACAG

二、隨后PCR擴(kuò)增連接P5、P7接頭

連接測(cè)序接頭以錨定在flowcell芯片上的接頭以供測(cè)序反應(yīng)：

連接測(cè)序接頭

序列如下：

5’ AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACAC[i5]TCGTCGGCAGCGTC

5’ CAAGCAGAAGACGGCATACGAGAT[i7]GTCTCGTGGGCTCGG

三、完整文庫(kù)結(jié)構(gòu)

Index 2 (i5)5’-AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACACIIIIIIIITCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAG-NNNNNN-CTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACIIIIIIIIATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTG-3’ Index 1 (i7)

IIIIIIII: Index 2 (i5), 8 bases IIIIIIII: Index 1 (i7), 8 bases -NNNNNN-: 插入序列


測(cè)序模式圖

四、如何過(guò)濾去接頭？

如果截去接頭序列需要在CTGTCTCTTATACACATCT位置截取，工具可以是cutadapt、trim_galore等類似可以自定義截去接頭的軟件。


五、參考資料

http://bioinformatics.cvr.ac.uk/blog/illumina-adapter-and-primer-sequences/

http://www.360doc.com/content/17/1218/22/19913717_714335567.shtml

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