前言
在工業(yè)界，天天做著重復(fù)的簡(jiǎn)單工作，已失去了對(duì)領(lǐng)域新技術(shù)發(fā)展的敏感性和好奇心，對(duì)技術(shù)人員來(lái)說(shuō)這是件可怕的事情。因?yàn)闆](méi)時(shí)間，也沒(méi)興趣看文獻(xiàn)，不能掌握第一手資料，只能在網(wǎng)上找找已有的信息，隨便翻翻大佬的博客，看看人家在做什么。這樣也能稍稍了解行業(yè)動(dòng)態(tài)，有助于對(duì)知識(shí)的思考和業(yè)務(wù)水平的提升。
工具包
Bioconductor workflow：
關(guān)于蛋白組的內(nèi)容并不多，目前只有proteomics這一個(gè)workflow。我暫時(shí)還沒(méi)用過(guò)。
https://www.bioconductor.org/packages/release/workflows/html/proteomics.html
Github：
Github上topics以mass-spectrometry為關(guān)鍵詞搜索結(jié)果（按標(biāo)星排序）：
https://github.com/topics/mass-spectrometry
以proteomics為關(guān)鍵詞搜索結(jié)果：
https://github.com/topics/proteomics
有一個(gè)RforProteomics的R包專(zhuān)用統(tǒng)計(jì)了蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)分析的包，并進(jìn)行可視化展示。
可以看出，相比于基因組學(xué)，蛋白組和代謝組流行的包實(shí)在太少了。后期我會(huì)從中選擇幾個(gè)感興趣的工具試用下，如果好用再學(xué)習(xí)源碼。
大佬Lab
- 瑞士蘇黎世聯(lián)邦理工大學(xué)（ETH）Ruedi Aebersold團(tuán)隊(duì)
https://imsb.ethz.ch/research/aebersold.html
看看他們發(fā)的文章、軟件，里面還有不少東西可挖，比如DIA視頻課程：http://dia-swath-course.ethz.ch/videos.html
- 德國(guó)馬普研究所Matthias Mann團(tuán)隊(duì)
https://www.biochem.mpg.de/en/rd/mann
https://www.cpr.ku.dk/research/proteomics/mann-group/
德國(guó)馬普研究所Juergen Cox團(tuán)隊(duì)
https://www.biochem.mpg.de/en/rg/cox
因MaxQuant和Perseus有名。比利時(shí)根特大學(xué)系統(tǒng)生物學(xué)團(tuán)隊(duì)（Computational Omics and Systems Biology Group）
這個(gè)團(tuán)隊(duì)生信很強(qiáng)，開(kāi)發(fā)了不少軟件，其中包括宏蛋白組學(xué)的研究。
https://www.compomics.com/中國(guó)科學(xué)院pFind團(tuán)隊(duì)
https://github.com/pFindStudio
http://pfind.ict.ac.cn/
p系列軟件開(kāi)發(fā)。美國(guó)貝勒醫(yī)學(xué)院章冰團(tuán)隊(duì)
http://www.zhang-lab.org/
https://github.com/bzhanglab耶魯大學(xué)劉延盛團(tuán)隊(duì)
https://www.yslproteomics.org/西湖大學(xué)郭天南團(tuán)隊(duì)
http://www.guomics.com/
會(huì)議
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中國(guó)計(jì)算蛋白質(zhì)組學(xué)研討會(huì)（CNCP）
http://cncp.ict.ac.cn/2018/index.html
中國(guó)計(jì)算蛋白質(zhì)組學(xué)會(huì)議是pFind團(tuán)隊(duì)主辦的小型會(huì)議，算是集結(jié)了中國(guó)蛋白組生信力量。從2010年開(kāi)始，會(huì)議每?jī)赡昱e辦一次，目前已舉辦了五屆。稍微看了下往屆的安排、主題、內(nèi)容和文化，感覺(jué)挺好的。希望今年有機(jī)會(huì)參加上海的會(huì)議。里面有部分公開(kāi)的視頻和課件，雖然是幾年前的東西，感覺(jué)還不過(guò)時(shí)（可能是質(zhì)譜技術(shù)發(fā)展受限的緣故吧），可挑取自己感興趣的內(nèi)容，仔細(xì)看看，收獲會(huì)有不少。
國(guó)際蛋白質(zhì)組學(xué)大會(huì)，HUPO（Human Proteome Organisation）
https://hupo.org/
歷屆會(huì)議資料：https://hupo.org/HUPO-Congresses
偏學(xué)術(shù)。看看就行，不評(píng)價(jià)。中國(guó)蛋白質(zhì)組學(xué)大會(huì)，CNHUPO（China Human Proteome Organization）
偏科研應(yīng)用，貌似沒(méi)官網(wǎng)。美國(guó)質(zhì)譜學(xué)會(huì)，ASMS（American Society for Mass Spectrometry）
https://asms.org
歷屆會(huì)議資料：https://www.asms.org/conferences/annual-conference/past-annual-conferences
偏應(yīng)用?？纯淳托?，不評(píng)價(jià)。
后記
以上列出的只是一個(gè)引子，真正想了解內(nèi)容還是需要自己去深挖，找到某個(gè)感興趣的工具或問(wèn)題，不斷延展學(xué)習(xí)。切勿收藏不看。
