1.從SRA數(shù)據(jù)庫選擇原始測序數(shù)據(jù)并下載【下載之前看一眼是single還是paired】

./fastq-dump --split-files SRR1186241 &

結(jié)果：在執(zhí)行命令的目錄下出現(xiàn)SRR1186241_1.fastq和SRR1186241_2.fastq

2.進(jìn)行測序數(shù)據(jù)的質(zhì)量檢測

 fastqc SRR*41_1.fastq

結(jié)果：主要看有沒有引物，（目前從SRA上下載的數(shù)據(jù)基本都去除了引物）
顯示有引物就用cutadapt去除

3.匹配基因組（hg19 human）

工具：HISAT2
(1)基因組索引，直接下載http://daehwankimlab.github.io/hisat2/download/#h-sapiens

深度截圖_選擇區(qū)域_20191225152252.png

(2)匹配基因組索引生成sam

hisat2 -x genome -1 1_1.fastq -2 1_2.fastq -S 1.sam &

4.對sam排序并轉(zhuǎn)換成bam

samtools view -F 4 -q 30 -b 1.sam > 1.bam &
samtools sort 1.bam -o 1_sort.bam

5.HTseq-count計數(shù)【-i參數(shù)影響輸出的基因名】

htseq-count -f bam -t exon -i gene_name 1_sort.bam gencode.v32lift37*gff3 > 1.txt &