1. 群體進(jìn)化研究主要能獲得什么結(jié)果？

通過群體進(jìn)化研究，我們不但可以獲知群體的系統(tǒng)發(fā)育過程，還能夠挖掘到受選擇的功能基因以及揭示種群的歷史動態(tài)。

（1）群體遺傳多樣性： 通過系統(tǒng)進(jìn)化樹、主成分分析和群體結(jié)構(gòu)分析等多種分析方法相互驗(yàn)證，準(zhǔn)確地對各亞群的親緣關(guān)系及分化情況進(jìn)行分析，為研究群體的進(jìn)化歷史提供科學(xué)依據(jù)。

（2）基因交流情況 ：通過研究各亞群遺傳物質(zhì)的來源及比重，對各亞群的基因交流情況進(jìn)行探索，并對各亞群可能的遷移路線進(jìn)行推測，為揭示群體的表型多樣性提供科學(xué)依據(jù)。

（3）功能基因挖掘：通過群體選擇分析能夠探究各亞群的多態(tài)性和分化程度，并挖掘到與重要性狀相關(guān)的功能基因，對農(nóng)業(yè)育種工作起到重要指導(dǎo)作用。

（4）群體進(jìn)化動態(tài)分析：根據(jù)基因組變異信息，推測不同亞群的分化時間，估計有效群體大小在進(jìn)化過程中的變化情況，為探討各亞群間的形成和進(jìn)化規(guī)律以及珍惜物種的保護(hù)提供科學(xué)依據(jù)。

2. 如何推斷研究材料可能已經(jīng)有亞群分化？

亞群分化主要與兩個因素有關(guān)：

1）地域差異：長久的地域差異，例如歐亞大陸差異、高山等可以體現(xiàn)局部適應(yīng)性，或者研究材料為當(dāng)?shù)靥赜衅贩N，很有可能是一個亞群。

2）品系差異：詢問品系形成的時間，強(qiáng)的人工馴化條件下，一般70年足夠形成一個品系。

3. 如何推薦測序深度？

綜合考慮項(xiàng)目的成本及結(jié)果的準(zhǔn)確性，建議群體進(jìn)化研究的測序深度不低于10X。隨著測序成本降低及分析方法成熟，高深度測序應(yīng)用越來越普遍，高深度測序可以有以下思路：

a)對于某些亞群的關(guān)鍵個體可以進(jìn)行50X高深度測序，建立該群體高質(zhì)量變異數(shù)據(jù)庫，進(jìn)行CNV等大結(jié)構(gòu)變異檢測；

b)或者對群體的每個個體加深測序深度（30X）進(jìn)行基于CNV的選擇消除分析等，來挖掘大結(jié)構(gòu)變異導(dǎo)致的進(jìn)化及性狀形成機(jī)制。

c)當(dāng)樣本量少時，也可以對每個個體進(jìn)行100X高深度測序，采用全基因組組裝進(jìn)行群體進(jìn)化分析。

4. 進(jìn)行群體進(jìn)化的群體選擇標(biāo)準(zhǔn)？

某物種的各個亞群，如野生種與馴化種、地理亞群等，每個亞群間劃分明顯，同一亞群內(nèi)的個體有一定代表性。如研究馴化機(jī)制，則需要選取野生型、馴化型樣本；如研究適應(yīng)性進(jìn)化，則需要選取不同地理環(huán)境，不同海拔高度的樣本；如研究種群歷史，需要在物種的可能起源地以及各個分布區(qū)域進(jìn)行選材。

5. 什么是群體遺傳結(jié)構(gòu)？

群體遺傳結(jié)構(gòu)指遺傳變異在物種或群體中的一種非隨機(jī)分布。按照地理分布或其他標(biāo)準(zhǔn)可將一個群體分為若干亞群，處于同一亞群內(nèi)的不同個體親緣關(guān)系較高，而亞群與亞群之間親緣關(guān)系則稍遠(yuǎn)。群體結(jié)構(gòu)分析有助于理解進(jìn)化過程，并且可以通過基因型和表型的關(guān)聯(lián)研究確定個體所屬的亞群。

6. 什么是群體主成分分析？

主成分分析（PCA）是一種純數(shù)學(xué)的運(yùn)算方法，可以將多個相關(guān)變量經(jīng)過線形轉(zhuǎn)換選出較少個數(shù)的重要變量。PCA應(yīng)用到很多學(xué)科，在遺傳學(xué)當(dāng)中，主要用于聚類分析，它是基于個體基因組SNP差異程度，按照不同性狀特征將個體按主成分聚類成不同的亞群，同時用于和其它方法做相互驗(yàn)證。