BLAST可謂是生物信息學(xué)最基礎(chǔ)的軟件了，安裝方法有很多種，比如可以是從NCBI網(wǎng)上下載并編譯，也可以是其他。下面的方法， 是我認(rèn)為最快捷的方法（ubuntu系統(tǒng)）
方法來源 ?http://www.blopig.com/blog/2014/04/quick-standalone-blast-setup-for-ubuntu-linux
Ad.1?The executables can be downloaded and compiled fromhere(download the source, run ./configure then make and finally make install in the directory of the untarred file). However a much easier way to do it under Ubuntu is:
sudo apt-get install ncbi-blast+
This automatically installs everything. In both cases to check if all went ok, type:
which blastp ? ? ? ? ?####如果能顯示地址就成功了
安裝多序列比對工具 clustalo 同理
sudo apt-get install clustalo
which clustalo
數(shù)據(jù)庫下載中心
個人比較喜歡EMBL-EBI的，數(shù)據(jù)分類比較清晰；NCBI比較雜亂。
1. ?全物種 ? uniprot: ??http://www.ebi.ac.uk/uniprot/database/download.html
個人傾向于下載注釋比較清晰的 swissprot數(shù)據(jù) ?
wget ?ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/uniprot/knowledgebase/uniprot_sprot.fasta.gz
2. ?單個物種 傾向于 ensembl :?http://asia.ensembl.org/info/data/ftp/index.html
里面有大多數(shù)物種的基因組數(shù)據(jù)
3. ?BLAST推薦的nr和nt數(shù)據(jù)庫下載地址
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/
里面有NCBI主要的數(shù)據(jù)庫
