1. 起因

之前的代碼(單細(xì)胞分析實(shí)錄(17): 非負(fù)矩陣分解(NMF)代碼演示)沒(méi)有涉及到python語(yǔ)法，只有4個(gè)python命令行，就跟Linux下面的ls grep一樣的。然鵝，有幾個(gè)小伙伴不會(huì)命令行，所以我決定再改寫一下，把命令行都放到R下面運(yùn)行。

2. 嘗試

2.1 一開(kāi)始，我的想法是教大家在R里面調(diào)用python，需要提前下載好anaconda和一些python包
然而想了想在Windows上安裝python包可能對(duì)大家不是很友好，有些包很難裝，我之前也弄了很久。考慮到這次更新是針對(duì)桌面版Rstudio用戶，故沒(méi)有采用。

2.2 最終，我采用的方案是，使用Rstudio Server，也就是網(wǎng)頁(yè)版Rstudio
這樣做有幾個(gè)好處：

• 直接和云服務(wù)器連接，服務(wù)器下載python包和R包都很容易（云服務(wù)器剛買，下血本）
• 我提前配置好運(yùn)行環(huán)境，用戶只需上傳數(shù)據(jù)，分析數(shù)據(jù)，下載數(shù)據(jù)即可。

代碼方面也更加簡(jiǎn)化：

• 我盡量減少了人工處理的時(shí)間，主要分析代碼只有兩行

如果你之前在我這兒拿過(guò)代碼，可以直接找我要更新的代碼。此外，如果因?yàn)橹暗拇a涉及命令行，你操作起來(lái)有困難，可以找我開(kāi)Rstudio Server的賬戶 (高端玩家就別了，服務(wù)器配置比較低，就夠幾個(gè)人用的那種)。

3. 注意

• 我會(huì)提前安裝可能用到的R包，所以不用重復(fù)安裝，直接library就可以
• 請(qǐng)大家及時(shí)下載結(jié)果文件，以免丟失；也請(qǐng)大家在做完分析后，刪除表達(dá)數(shù)據(jù)，服務(wù)器存儲(chǔ)空間不是很大
• 每個(gè)賬號(hào)只保留半個(gè)月時(shí)間，若想再次使用，可以聯(lián)系我再開(kāi)一個(gè)賬號(hào)
• 有任何問(wèn)題可以微信或者郵箱問(wèn)我

接下來(lái)簡(jiǎn)單介紹一下，使用方法

登錄

打開(kāi)我給你的鏈接，輸入用戶名和密碼即可登錄

之后就可以看見(jiàn)Rstudio的界面了

然后確保你的家目錄下面有圖中框出來(lái)的幾個(gè)文件，并點(diǎn)擊進(jìn)入count_data文件夾

上傳數(shù)據(jù)

點(diǎn)擊upload上傳數(shù)據(jù)

運(yùn)行代碼

主要是3.R中的step1和step2兩個(gè)函數(shù)

library(reticulate)

use_condaenv(condaenv = "cnmf_env", required = T,conda = "/home/hsy/miniconda3/bin/conda")
py_config() #如果顯示cnmf_env環(huán)境里面的python就OK

source("1.R")
step1(dir_input = "count_data",dir_output = "res1",k=3:5,iteration = 50) #這里為了演示方便，取值都比較小

source("2.R")
step2(dir_input = "res1",dir_output = "res2",dir_count = "count_data",usage_filter = 0.03,top_gene = 30,cor_min = 0,cor_max = 0.6)

查看結(jié)果

step2之后，會(huì)在res2文件夾中生成結(jié)果文件

sampleID_program.usage.norm.txt和sampleID_program.Zscore.txt
是NMF分解表達(dá)矩陣得到的兩個(gè)矩陣

program_topngene.txt
這是所有program的前幾十個(gè)基因，一般會(huì)放到文件附表

program_pearson_cor.complete.heatmap.pdf
program之間的相關(guān)性熱圖
cor_heatmap_data.txt
用來(lái)畫上圖的數(shù)據(jù)

program_topngene_enrichment.xlsx
program_topngene_enrichment_order.csv
這兩個(gè)都是對(duì)program前幾十個(gè)基因的富集分析結(jié)果，這兩個(gè)文件可以用來(lái)輔助我們理解program，其中第二個(gè)文件和相關(guān)性熱圖的順序一致，看起來(lái)更方便

sampleID_program_gene.heatmap.pdf
用來(lái)驗(yàn)證在這個(gè)樣本中，program找得對(duì)不對(duì)，其實(shí)就是看program的表達(dá)，一般看program的前幾十個(gè)基因
sampleID_data_heatmap.txt
用來(lái)畫上面那個(gè)熱圖的數(shù)據(jù)

program之間的相關(guān)性熱圖

某個(gè)樣本中program的表達(dá)

下載結(jié)果

選中你想導(dǎo)出的文件，點(diǎn)擊more，再點(diǎn)擊Export就可以了

至此，公眾號(hào)僅有的兩篇付費(fèi)教程都已更新完畢~

因水平有限，有錯(cuò)誤的地方，歡迎批評(píng)指正！