GWAS大家都很熟悉了，隨著目前越來越多的重測序文章的發(fā)表，可見如今SNP數(shù)據(jù)是非常的豐富，以及GWAS也發(fā)展了15年了，如今到了一個后GWAS時代。
GWAS我也做了很多了，經(jīng)常有朋友問我，GWAS閾值如何確定的問題，其實這個問題很簡單，基本上都是以Genetic Type I error方法計算獨立的SNP即SNP（Me），然后以顯著水平除以這個數(shù)就可以了。那么問題來了，獨立的SNP怎么算呢？下面這個軟件可以輕松快速上手：
Genetic type 1 E rror C alculator (GEC)是Miao-Xin Li老師寫的軟件，基于java，無需編譯直接使用，操作很簡單

#軟件支持很多格式，我以我最常用的plink進行展示
java -jar /public/home/hguo/packages/gec/gec.jar -Xmx1g --effect-number --plink-binary gwas_all_chr.filter --genome --out ./leaf
#沒錯就這么簡單，這個軟件會把SNP 閾值以及SNP（Me）都算出來，也支持算某些區(qū)域的

基本上就這樣，五分鐘寫一個帖子