【NCBI編號】NCBI中編號/編碼說明
在日常分析中，我們在NCBI數(shù)據(jù)中常常見到AC、NC、NM、NR、NP、NG等各類編號，這類編號分別代表著怎樣的含義？我們該如何根據(jù)自己的需求來選擇正確的編號呢？
今天就來說一說常見的NCBI編號的意義。
1）AC_***：genomic mixed，一些可供選擇的注釋的基因組序列，主要用來標(biāo)記病毒和原核生物；
2）AP_***：protein mixed，AC_標(biāo)記序列對應(yīng)的蛋白產(chǎn)物；
3）NC_***：genomic mixed，完整的基因組分子序列，標(biāo)記的類別包括基因組、染色體、細(xì)胞器、質(zhì)粒；
4）NG_***：genomic mixed，不完整的基因組區(qū)域，提供NCBI基因組注釋途徑。比較有代表性有不轉(zhuǎn)錄的假基因或者哪些很難自行化注釋的基因組簇；
5）NM_***：mRNA mixed，轉(zhuǎn)錄組產(chǎn)物序列；成熟mRNA轉(zhuǎn)錄本序列；
6）NP_***：protein mixed，蛋白產(chǎn)物；主要是全長轉(zhuǎn)錄氨基酸序列，但也有一些只有部分蛋白質(zhì)的部分氨基酸序列；
7）NR_***：RNA mixed，非編碼的轉(zhuǎn)錄子序列，包括結(jié)構(gòu)RNAs，假基因轉(zhuǎn)子等；
8）NT_***：genomic automated，BAC或者鳥槍測序法的還未完全注釋的測序序列；
9）NW_***：genomic automated，BAC或者鳥槍法測序的還未完全注釋的測序序列；
10）NZ_ABCD1234***：genomic automated，收集的各種利用鳥槍法測序的測序計劃，ABCD?代表的是計劃名稱；
11）?XM_***：mRNA automated，轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物；mRNA來自基因組注釋，序列相當(dāng)于基因組重疊群；
12）XP_***：protein automated，蛋白產(chǎn)物；序列相當(dāng)于基因組重疊群；
13）XR：RNA automated，轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物；非編碼區(qū)來自基因組注釋，序列相當(dāng)于基因組重疊群；
14）YP_***：protein mixed，蛋白產(chǎn)物；不涉及到轉(zhuǎn)錄組，主要用來標(biāo)記細(xì)菌、病毒和線粒體；
15）ZP_***：protein automated，蛋白產(chǎn)物?；主要是用電腦自動注釋；
16）NS_***：genomic automated，未知生物分子基因組序列。
