磨刀不誤砍柴功之合并相同樣本的bam文件
參考自：http://m.itdecent.cn/p/97defd9adf18
https://blog.csdn.net/weixin_31956641/article/details/116553743
第一步，將相同樣本名字和對(duì)應(yīng)的SRR編號(hào)放在一起(excel直接復(fù)制)
vi sample.txt
a srr1
a srr2
b srr3
b srr4
b srr5
第二步修改SRR數(shù)據(jù)文件名
for i in `cat sample.txt|tr "\t" "_"`;do echo ${i};mv ${i##*_}.sort.bam ${i}.sort.bam;done
第三步使用samtools批量合并bam
for i in `cat sample.txt|cut -f1|sort|uniq`;do echo ${i};samtools merge he/${i}.bam ${i}_*.sort.bam ;done
