序列導(dǎo)入到Mega軟件
1）打開(kāi)Mega軟件，界面如下
2）導(dǎo)入需要構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)的目的序列
點(diǎn)擊OK
選擇分析序列類(lèi)型
創(chuàng)建新的數(shù)據(jù)文件
選擇序列類(lèi)型
導(dǎo)入序列
導(dǎo)入序列成功
3）序列比對(duì)分析
點(diǎn)擊工具欄中“W”工具，進(jìn)行比對(duì)分析
比對(duì)結(jié)束后刪除兩端不能夠完全對(duì)齊堿基
4）系統(tǒng)發(fā)育分析
關(guān)閉窗口，選擇保存文件路徑，自定義文件名稱
構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)
激活多序列比對(duì)文件
1）NJ法
點(diǎn)擊compute
NJ法構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)
保存圖像
2）MP法
MP法構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)
3）ML法
ML法構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)
4）BI法
1.將MrModeltest2.3文件夾下“MrModelblock”文件種所有內(nèi)容復(fù)制粘貼到.nex序列文件末端(t1r1_aligned_mrmodelblock.nex)；
2.雙擊打開(kāi)win-paup4b10.exe程序（注意，不是win-paup4b4a.exe ），打開(kāi)上一步生成的文件，此步完成時(shí)會(huì)生成mrmodel.scores文件（位于輸入序列文件的目錄下），將其拷貝到mrmodeltest2.exe程序目錄下；
3.cmd ; d: ; cd ……\MrModeltest2.3\bin\win
使用上面命令進(jìn)入mrmodeltest2.exe程序所在目錄，輸入以下 命令檢測(cè)最佳模型，輸出結(jié)果到mrmodel.out文件中：
mrmodeltest2 <mrmodel.scores> mrmodel.out
將上一步修改好的內(nèi)容復(fù)制粘貼進(jìn)原始的.nex序列文件末尾，保存，刪除symbols=“ABCDEFGHIKLMNPQRSTUVWXYZ”行，然后將其拷貝至mrbayes-3.1.1.exe程序所在目錄中，此處例子為t1r1_aligned_mb.nex ；
雙擊程序，鍵入命令：
exe t1r1_aligned_mb.nex
這一步遇到問(wèn)題，雙擊mrbayes_x64顯示
經(jīng)過(guò)查找發(fā)現(xiàn)這種問(wèn)題是沒(méi)有安裝vcredist導(dǎo)致的。故需要通過(guò)網(wǎng)址https://www.microsoft.com/zh-CN/download/details.aspx?id=40784下載安裝
安裝后雙擊即可打開(kāi)
回車(chē)開(kāi)始運(yùn)行，等結(jié)果收斂（average standard deviation of split frequencies <= 0.01）即可結(jié)束運(yùn)算，得到最佳系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)。
使用FigTree 打開(kāi)mb_t1r.con文件。
BI
