引子

前陣子才寫道：
CRISPR-Cas9基因敲除實驗步驟 Month 4 --可能的收官之帖（但還遠(yuǎn)未結(jié)束）
說自己收官之作，哪里想到這么快就要繼續(xù)開始新的實驗了。

有幾點要聲明：首先，這些記錄都是我真是的實驗思路歷程，出于保密原則，不會透露課題任何敏感信息，所有例子均為杜撰；其次，我知無不言但不一定能言盡，畢竟篇幅有限；再者，這些只是我個人的記錄，回答疑問僅是出于好意；之前有人問我要protocol，其實我想說，思路是最重要的，實驗protocol哪里去拿不到呢；最后，我感謝一直以來幫助我的人們，正是因為接受了這么多的幫助，才促使我寫下這些紀(jì)錄希望能幫助到別人，感謝。

今天主要的內(nèi)容是準(zhǔn)備工作

1. preparation

(1) clear objectives 明確目標(biāo)--敲除抑癌基因 2019/07/16~2019/07/18

首先，登錄Catalogue Of Somatic Mutations In cancer (COSMIC) Database https://cancer.sanger.ac.uk/cosmic

[圖片上傳失敗...(image-2bfdf5-1563514224716)]

其次，根據(jù)癌癥類型查看腫瘤體細(xì)胞突變統(tǒng)計，并下載體細(xì)胞突變list。

find and download

接著，找到tumor suppressor gene database https://bioinfo.uth.edu/TSGene/，摸索并下載相應(yīng)的腫瘤抑制基因數(shù)據(jù)list

TSGs

同時，通過網(wǎng)頁搜索，盡量查到更多關(guān)于Tumor suppressor gene相關(guān)信息

https://www.cellsignal.com/contents/resources-reference-tables/human-oncogenes-amp-tumor-suppressor-genes/science-tables-oncogene

CST with oncogene and tumor suppressor gene

再者，使用R語言將從不同database獲取得到的tumor suppressor gene的list進行overlap，再查閱overlap剩余基因在目的細(xì)胞中的表達水平--該部分依賴生物信息學(xué)技術(shù)，本部分結(jié)果省略。

最后，最終還需要文獻再次確認(rèn)該基因與自己課題項目的相關(guān)性，并其做好文獻背景調(diào)查，最終確認(rèn)目的基因。

2. 小結(jié)

首先知道自己要做什么，明確目標(biāo)之后要盡可能利用自己能用到的所有資源，快速，精準(zhǔn)的篩選目的基因。

感謝師兄DZ