cat（是 concatenate 的縮寫）命令

用于連接文件并打印到標(biāo)準(zhǔn)輸出設(shè)備上

詳細(xì)說明：cat 命令的功能是將文件或標(biāo)準(zhǔn)輸入組合輸出到標(biāo)準(zhǔn)輸出。這個(gè)命令常用來顯示文件內(nèi)容，或者將幾個(gè)文件連接起來顯示，或者從標(biāo)準(zhǔn)輸入讀取內(nèi)容并顯示，它常與重定向符號(hào)配合使用。

用法及參數(shù)如下：

$cat --help
Usage: cat [OPTION]... [FILE]...
Concatenate FILE(s), or standard input, to standard output.

  -A, --show-all           equivalent to -vET #等價(jià)于 -vET
  -b, --number-nonblank    number nonempty output lines, overrides -n #和 -n 相似，只不過對(duì)于空白行不編號(hào)
  -e                       equivalent to -vE #等價(jià)于"-vE"選項(xiàng)
  -E, --show-ends          display $ at end of each line #在每行結(jié)束處顯示 $
  -n, --number             number all output lines #由 1 開始對(duì)所有輸出的行數(shù)編號(hào)
  -s, --squeeze-blank      suppress repeated empty output lines #當(dāng)遇到有連續(xù)兩行以上的空白行，就代換為一行的空白行
  -t                       equivalent to -vT #等價(jià)于 -vET
  -T, --show-tabs          display TAB characters as ^I #將 TAB 字符顯示為 ^I
  -u                       (ignored) #被忽略
  -v, --show-nonprinting   use ^ and M- notation, except for LFD and TAB #使用 ^ 和 M- 符號(hào)，除了 LFD 和 TAB 之外
  --help     display this help and exit #展示幫助選項(xiàng)并退出
  --version  output version information and exit #輸出版本號(hào)信息并退出

With no FILE, or when FILE is -, read standard input.

Examples:
  cat f - g  Output f's contents, then standard input, then g's contents.
  cat        Copy standard input to standard output.

cat命令的三大功能：

1、一次顯示整個(gè)文件內(nèi)容

$cat filename

2、從鍵盤創(chuàng)建一個(gè)新文件，不能更改已有文件

$cat > filename

3、將幾個(gè)文件合并成一個(gè)文件

$cat file1 file2 > mergefile
$zcat test1.fastq.gz test2.fastq.gz …… > total.fastq.gz
#直接cat再合并也可以，最后的結(jié)果和zcat一樣
$cat test1.fastq.gz test2.fastq.gz …… > total.fastq.gz

tac 是將 cat 反寫過來，所以它的功能就跟 cat 相反，cat 是由第一行到最后一行連續(xù)顯示在屏幕上，而 tac 則是由最后一行到第一行反向在屏幕上顯示出來

用法及參數(shù)：

Usage: tac [OPTION]... [FILE]...
Write each FILE to standard output, last line first.
With no FILE, or when FILE is -, read standard input.

Mandatory arguments to long options are mandatory for short options too.
  -b, --before             attach the separator before instead of after #將分隔符安裝在之前而不是之后
  -r, --regex              interpret the separator as a regular expression #將分隔符解釋為正則表達(dá)式  
  -s, --separator=STRING   use STRING as the separator instead of newline #使用STRING作為分隔符而不是換行符  
  --help     display this help and exit #展示幫助選項(xiàng)并退出
  --version  output version information and exit #輸出版本號(hào)并退出

#zcat查看壓縮文件最后一行是否有換行符
#gz壓縮文件：輸出為1表示有換行，輸出為0表示無換行
zcat DRR138629_1.fastq.gz | tail -1 | wc -l
#僅僅是fastq文件：輸出為1表示有換行，輸出為0表示無換行
tail -1 DRR138629_1.fastq | wc -l
#提取fastq.gz文件中一個(gè)單元的第一二行
zcat DRR138627_41_total.fastq.gz | awk '{if(NR%4 == 1){print ">" substr($0, 2)}}{if(NR%4 == 2){print}}' > DRR138627_41_total.fasta

>NS500460:4:H13G4BGXX:1:11102:10658:8619 1:N:0:3
CCTTAATCAGGATCAATGCCTTTTCGGGCTTATCACAGATCACTGTGGCAATCTCAGCTTTGTTGATAATGTATTT
>NS500460:4:H13G4BGXX:1:11102:3954:8619 1:N:0:3
GTCCACATTCAGATTTTCCCAGGAAGAAACGCCTCGTGTGCCAGTCCAGATGCTGATTGAAAAGCCAGCCCCCAGG

總之，一句話：查看gz文件用zcat test.fastq.gz | head -20，查看fastq文件用head。

#返回系統(tǒng)語言
echo $LANG
#設(shè)置系統(tǒng)語言為中文
LANG=zh_CN.UTF-8
#設(shè)置系統(tǒng)語言為英文
LANG=en_US.UTF-8
#查看系統(tǒng)語言
date