我安裝了一天之后快哭了，然后去100塊買了個老師指導(dǎo)
生信自學(xué)要么哭要么花錢，就是我這個垃圾
1、安裝
https://github.com/ventolab/CellphoneDB官方地址
首先創(chuàng)建一個環(huán)境，現(xiàn)在已經(jīng)更新到4.0.0了，要求py3.8
于是

conda create -n cpdb python=3.8
source activate cpdb
pip install cellphonedb gseapy -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple

我試了無數(shù)個教程，就這個安裝也不會報啥錯
參考http://m.itdecent.cn/p/a9e9ce9ee12b
這個軟件是個基于python的包，直接再$后面調(diào)用是顯示沒有安裝

看一下安裝成功咩，輸入python后出現(xiàn)三個大于號
$python
>>>import cellphonedb
>>>cellphonedb.version
>>>from cellphonedb.src.core.methods import cpdb_statistical_analysis_method

以上沒報錯就說明安裝成功了

我網(wǎng)上搜的教程全都是shell做的，現(xiàn)在python才可以，所以難倒我了。買到了示例文件和數(shù)據(jù)，主要是寫好了py腳本。提交就行了

數(shù)據(jù)都放好，提交就完事了
conda activate cpdb_py3.8
python test.py

至于我都py腳本，畢竟是花了錢的，先不無私分析了
等我學(xué)會了10x再教，因為里面的文件我還不懂
好幾個人給我發(fā)消息
我就把我的腳本放上來吧，反正是我花錢買的，具體就大家自己看怎么修改，我py腳本不太會，指導(dǎo)不來不好意思

#!/usr/bin/env python
# coding: utf-8

cpdb_file_path = './cellphonedb/ref/cellphonedb.zip'
test_meta_file_path = './cellphonedb/data/test_meta.tsv'
test_counts_file_path = './cellphonedb/data/mtx'

from cellphonedb.src.core.methods import cpdb_statistical_analysis_method

deconvoluted, means, pvalues, significant_means = cpdb_statistical_analysis_method.call(
        cpdb_file_path = cpdb_file_path, 
        meta_file_path = test_meta_file_path,
        counts_file_path = test_counts_file_path,
        counts_data = 'gene_name',
        iterations = 100,
        threshold = 0.1,
        threads = 6, 
        output_suffix = "test", 
        output_path = "./cellphonedb/results/"
)