本篇筆記是利用個人電腦搭建Linux系統(tǒng)（deepin 20.8）的教程，包括系統(tǒng)下載、映像刻錄、啟動盤制作、電腦BIOS設(shè)置、安裝系統(tǒng)、故障解決、驅(qū)動更新、軟件下載、conda配置、R語言和Rstudio-server配置、遠程SSH配置、生信分析環(huán)境搭建等步驟，教你如何自己制作一個實用的linux服務(wù)器。

背景介紹

有一臺10年前的家用臺式電腦（古董級2核CPU、4G
內(nèi)存、500G硬盤），最開始裝的win XP，后來換成了win 7，最近打開使用發(fā)現(xiàn)非?？ㄢg，而且垃圾流氓軟件居多，基本沒法用了。

于是想折騰折騰，發(fā)揮一下它的價值，由windows系統(tǒng)轉(zhuǎn)向linux系統(tǒng)，把它變成一臺家用服務(wù)器，安裝R語言和Rstudio-server，作為生信分析測試環(huán)境。同時還要保證該電腦正常使用，快過年了，親戚孩子來了后能用這個電腦聽歌、看電影、聊微信、刷B站。

上圖是安裝了Linux系統(tǒng)的電腦資源占用，發(fā)現(xiàn)CPU占用率不到1%，內(nèi)存只占用了不到300MB，啟用超級終端模式之后，電腦系統(tǒng)自身占用資源極低。如果是普通的windows系統(tǒng)，開機后系統(tǒng)占用量比這高十幾倍。

重裝linux系統(tǒng)

目前，比較受歡迎的linux系統(tǒng)有centos、ubuntu、deepin等，其中deepin系統(tǒng)是國產(chǎn)的桌面版系統(tǒng)，里面基本的功能都有，能夠滿足日常使用。最近已經(jīng)出了23版本，筆者下載了，安裝過程中報錯，可能是硬件拉胯，所以在此選擇deepin 20.8系統(tǒng)。

鏡像下載：
https://cdimage.deepin.com/releases/20.8/deepin-desktop-community-20.8-amd64.iso
蘭州大學(xué)的鏡像站，親測速度更快：
https://mirror.lzu.edu.cn/deepin-releases/
刻錄工具下載：
https://cdimage.deepin.com/applications/deepin-boot-maker/windows/deepin-boot-maker.exe
在windows電腦上下載以上文件，然后準備一個16GB以上U盤，通過刻錄工具將鏡像燒錄到u盤（之后如果需要恢復(fù)正常使用，只需要格式化u盤即可），此時已經(jīng)制作好啟動盤。

BIOS設(shè)置

關(guān)閉secure boot，不同機器進入BIOS的方法不一樣，我這個是開機按F2,具體方法自行百度。

安裝系統(tǒng)

插入之前制作好的u盤作為啟動盤，然后再電腦開機的時候快速猛按F12（不同電腦進入啟動項的方法不同）

硬盤分區(qū)這里如果是全盤安裝，將會清空所有內(nèi)容，然后安裝deepin系統(tǒng)，如果需要安裝雙系統(tǒng)，則根據(jù)需要修改掛載位置。

調(diào)整根分區(qū)大小，這里設(shè)置的空間大小相當于windos下的c盤（系統(tǒng)盤）內(nèi)存空間，可以根據(jù)需要修改。

勾選右下角使用集成閉源驅(qū)動

等待安裝完成，大約耗時幾分鐘左右

故障解決

安裝好后重啟進入桌面，發(fā)現(xiàn)屏幕分辨率不正常，而且無法調(diào)整，檢查發(fā)現(xiàn)顯卡驅(qū)動存在問題（這是由于nvidia顯卡的官方驅(qū)動不開源，所以deepin自己做了個冒牌驅(qū)動，導(dǎo)致顯卡無法正常工作，如果是集成顯卡則沒有該問題），因此首先嘗試重裝顯卡驅(qū)動程序。

• 下載顯卡驅(qū)動

進入NVIDIA官網(wǎng)，找到驅(qū)動下載頁面，根據(jù)自己的顯卡型號下載穩(wěn)定生產(chǎn)版Linux驅(qū)動，下載后是一個run格式的文件。

https://www.nvidia.cn/Download/index.aspx

• 停用自帶驅(qū)動程序

由于系統(tǒng)自帶nouveau驅(qū)動程序，因此需要先將其禁用，然后加入黑名單。

sudo dedit /etc/modprobe.d/blacklist.conf

進入編輯器后將以下內(nèi)存輸入并保存

blacklist vga16fb
blacklist nouveau
blacklist rivafb
blacklist nvidiafb
blacklist rivatv

然后使用以下命令更新linux內(nèi)核（驅(qū)動程序在內(nèi)核中重建）

sudo update-initramfs -u

卸載原來的NVIDIA驅(qū)動程序

sudo apt-get remove --purge nvidia*

• 關(guān)閉圖形界面服務(wù)

暫時關(guān)閉X服務(wù)（GUI圖形界面），這一步會黑屏請看完再操作。
首先按住鍵盤上的CTRL+ALT+F2，進入超級終端模式，需要輸入賬戶和密碼進入命令行界面。

使用下面的命令關(guān)閉圖形界面（因為顯卡驅(qū)動必須在關(guān)閉顯示界面的條件下安裝）

sudo service lightdm stop

• 重裝顯卡驅(qū)動

首先，對下載的顯卡驅(qū)動更改權(quán)限，賦予可執(zhí)行功能。

sudo chmod +x ./*.run

然后，運行該驅(qū)動程序

sudo sh ./*.run

稍等一會兒后出現(xiàn)安裝界面，選擇Accept

下面這個步驟的意思是將驅(qū)動程序以模塊形式安裝進DKMS，選擇NO

出現(xiàn)這個界面表示正在安裝，等待幾分鐘

• 殺手锏

經(jīng)過好幾次的嘗試，都沒辦法正常安裝顯卡驅(qū)動，迫不得已之下，打開主機箱物理卸載顯卡，拔掉顯卡后將顯示排線連接到主機后面的核顯輸出端口 。

重啟后問題解決，界面恢復(fù)正常，因為核顯無需額外的驅(qū)動程序，所以分辨率、畫面亮度等功能也能進行更改，使用起來已經(jīng)沒有太大問題了。

到此，系統(tǒng)安裝完成！電腦可以像普通電腦一樣下載軟件、瀏覽網(wǎng)頁、看電視、聽音樂，常用的軟件比如微信、QQ、愛奇藝、網(wǎng)易云、WPS、騰訊會議等都有Linux版本，使用起來和普通家用windows電腦沒什么大差別，而且垃圾軟件個廣告更少。

基本環(huán)境配置

權(quán)限管理

剛開始安裝系統(tǒng)時輸入的賬戶為管理員權(quán)限，使用該管理員帳號登錄，然后進入賬戶，設(shè)置root密碼，因為deepin系統(tǒng)初始沒有提供root賬戶，所以需要設(shè)置激活后使用。

sudo passwd root

輸入上述代碼后先輸入當前管理員的密碼，然后設(shè)置root密碼并重復(fù)一次，即可完成。

su root

輸入上述代碼并根據(jù)提示輸入密碼，即可進入root賬戶，此時命令行提示符號為“#”

如果想增加賬號，先使用useradd添加，然后使用passwd設(shè)置該賬戶的密碼即可。

軟件安裝

• 桌面軟件商店

可以使用系統(tǒng)自帶的軟件商店安裝，這個方法最簡單快捷，同時兼容性最好，官方推薦普通用戶使用該方法安裝軟件。

• apt軟件包倉庫

sudo apt install xxx

• conda倉庫

conda search python #搜索
conda install xxx #安裝

啟動SSH服務(wù)

由于deepin系統(tǒng)初始狀態(tài)下，SSH服務(wù)是關(guān)閉狀態(tài)，因此無法直接使用SSH遠程連接。

• Linux服務(wù)器端

sudo apt-get update #更新
sudo apt-get install openssh-server #安裝ssh服務(wù)
sudo ps -e |grep ssh #查看是否存在ssh進程
netstat -an|head -5 #查看端口信息

sudo /etc/init.d/ssh start #啟動ssh服務(wù)
sudo systemctl enable ssh #設(shè)置開機自動啟動ssh服務(wù)

使用sudo /etc/init.d/ssh status命令可以查看當前SSH服務(wù)的開啟狀態(tài)，顯示如下為正常情況。

• 個人PC電腦端

按照ssh登錄軟件，常見的putty、finalshell、xshell都可以，這里推薦兩款，一個是mobaxterm，界面相對豐富，功能也不錯【點擊這里即可下載使用】另一個是termius，支持多設(shè)備、文件管理和代碼自動補齊功能，筆者覺得這兩款都比較好用。

ssh user@192.168.1.1 -p 22

搭建生信分析環(huán)境

miniconda

Miniconda是conda的精簡版安裝程序。 它是Anaconda的小型引導(dǎo)程序版本，僅包含conda，python，它們依賴的軟件包以及少量其他有用的軟件包。通俗來說就是一個軟件的大倉庫，里面有各種軟件。

https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/

進入上方網(wǎng)址，下載Linux版的安裝包

按照如下步驟進行安裝

wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py38_4.8.3-Linux-x86_64.sh --no-check-certificate
#下載
bash Miniconda3-py38_4.8.3-Linux-x86_64.sh
#安裝
conda -V
#重啟后驗證是否安裝成功
(base) user@PC:~$ conda -V
conda 22.11.1

R語言

方法一：采用默認的包管理器安裝，此安裝版本默認為3.6，操作簡單，如需最新版本無法通過該方式安裝。

sudo apt-get install r-base

方法二：采用conda安裝，之前已經(jīng)配置好conda，如果沒有安裝需要先裝conda，再裝R，這個方法能夠按照最新版4.2.0版本。

conda install r-base -y

安裝后輸入一個R，檢查是否安裝成功，如果成功后輸入which R查看軟件路徑，這個路徑復(fù)制保存，之后有用。

(base) user@PC:~$ R

R version 3.6.1 (2019-07-05) -- "Action of the Toes"
Copyright (C) 2019 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-conda_cos6-linux-gnu (64-bit)

R是自由軟件，不帶任何擔保。
在某些條件下你可以將其自由散布。
用'license()'或'licence()'來看散布的詳細條件。

R是個合作計劃，有許多人為之做出了貢獻.
用'contributors()'來看合作者的詳細情況
用'citation()'會告訴你如何在出版物中正確地引用R或R程序包。

用'demo()'來看一些示范程序，用'help()'來閱讀在線幫助文件，或
用'help.start()'通過HTML瀏覽器來看幫助文件。
用'q()'退出R.

> q()
Save workspace image? [y/n/c]: n
(base) user@PC:~$ which R
/home/user/miniconda3/bin/R

Rstudio-server

需要系統(tǒng)管理員帳號密碼和root賬戶密碼，用于安裝Rstudio-server，必須以root賬戶安裝，以下操作均在管理員狀態(tài)下進行。

• 1.下載軟件

sudo apt-get install gdebi-core
wget https://download2.rstudio.org/server/bionic/amd64/rstudio-server-2022.12.0-353-amd64.deb

• 2. 安裝軟件

sudo gdebi rstudio-server-2022.12.0-353-amd64.deb

• 3. 設(shè)置參數(shù)

初次啟動Rstudio時提示連接錯誤，原因是沒有指定R的軟件路徑，之前用which R命令得到的目錄保存到Rstudio的配置文件中，重啟即可解決。

以下兩個文件是Rstudio的配置文件：
/etc/rstudio/rserver.conf
/etc/rstudio/rsession.conf

touch /etc/rstudio/rserver.conf
touch /etc/rstudio/rsession.conf

修改端口

默認的端口是8787，如果我們想改成其他端口，可以在/etc/rstudio/rserver.conf 文件中添加并修改參數(shù)：

vim /etc/rstudio/rserver.conf 
www-port=80
#這里我們是將端口改成80

修改完畢之后要驗證參數(shù)有效性，并重啟rstudio-server

rstudio-server test-config
rstudio-server restart

設(shè)置R版本

默認情況下，RStudio server 運行時使用的R是系統(tǒng)PATH中指定的R，這個位置可以使用which R確定，如果我們的系統(tǒng)上有多個版本的R，那么可以使用rsession-which-r參數(shù)指定RStudio 使用哪個版本的R。

rsession-which-r=/usr/local/bin/R

設(shè)置用戶限制

在/etc/rstudio/rserver.conf文件中添加auth-required-user-group參數(shù)，可以指定訪問rstudio 的用戶：

auth-required-user-group=rstudio_users

創(chuàng)建組，將dave 用戶添加到該組：

groupadd rstudio_users
usermod -g rstudio_users -G rstudio_users dave

在/etc/rstudio/rserver.conf 文件中指定用戶組，只有屬于改組的用戶才可以使用rstudio。

auth-required-user-group=rstudio_users

當然也可以添加一些其他的資源限制，比如總內(nèi)存，stack size 和進程數(shù)等：

rsession-memory-limit-mb=4000
rsession-stack-limit-mb=10
rsession-process-limit=100

• rsession.conf配置

默認情況下，當用戶2個小時沒有執(zhí)行命令，RStudio 會終止用戶的R session，并將這些信息寫入磁盤，從而減少資源的消耗，當用戶下次使用時，session被還原。

可以通過session-timeout-minutes 參數(shù)指定session 過期的時間

session-timeout-minutes=30#會話超時時間

limit-file-upload-size-mb 參數(shù)，其可以限制最大的上傳大小

limit-file-upload-size-mb=100

指定默認的CRAN repository 服務(wù)地址

r-cran-repos=https://mirrors.nwafu.edu.cn/cran/

以上修改都需要重啟服務(wù)才能生效

用任意設(shè)備瀏覽器訪問主機本地IP的8787端口即可，網(wǎng)頁版的Rstudio自帶保存功能，并且支持多用戶登錄同時使用。

使用的時候，只需要在同一局域網(wǎng)下！

• Rstudio運行狀態(tài)查看

rstudio-server status

• Rstudio服務(wù)開啟、停止、重啟

rstudio-server start

(base) user@PC:~$ rstudio-server status
● rstudio-server.service - RStudio Server
     Loaded: loaded (/lib/systemd/system/rstudio-server.service; enabled; vendor preset: enabled)
     Active: active (running) since Wed 2023-01-04 16:18:56 CST; 35s ago
    Process: 16882 ExecStart=/usr/lib/rstudio-server/bin/rserver (code=exited, status=0/SUCCESS)
   Main PID: 16883 (rserver)
      Tasks: 4 (limit: 4447)
     Memory: 1.8M
     CGroup: /system.slice/rstudio-server.service
             └─16883 /usr/lib/rstudio-server/bin/rserver

使用體驗

這個系統(tǒng)實際用起來還是很方便的，普通用戶也能很快上手，個人感覺操作界面有點像windows和Macos的結(jié)合版。

在設(shè)置中能夠看到系統(tǒng)的介紹信息，菜單的邏輯關(guān)系比較強，操作起來和手機菜單差不多。

自帶的終端很好用，響應(yīng)速度也比較快，能夠滿足大部分應(yīng)用。

綜上所述，deepin操作系統(tǒng)作為國產(chǎn)之光，用起來還是很棒的！deepin和Linux的關(guān)系有點像最近幾年鴻蒙和安卓的關(guān)系，外界對此還是存在各種觀點，筆者認為只要好用、穩(wěn)定就夠了，不用在意具體如何實現(xiàn)。

未來有一天，假如受到國外制裁，所有的windows系統(tǒng)都封禁了，我們還能使用deepin這樣的系統(tǒng)做備用替代，那么今日的筆記可能對你有所幫助，多學(xué)一點，有益無害。

本文由mdnice多平臺發(fā)布