String【https://string-db.org/】
2019.11.22 拿到有參轉(zhuǎn)錄組的數(shù)據(jù)，gene name 都是序列號(hào)，還不知道怎么用拿到的序列號(hào)，查閱到相關(guān)的基因名以及基因簡(jiǎn)寫。所以將gene name 轉(zhuǎn)入Srting還是個(gè)問題，并且我的參考基因組不是模式生物，不知道選用模式生物是否可以。我參考基因組生物是個(gè)四倍體，模式生物是個(gè)二倍體。
——有待解決。
2019.11.23 聯(lián)系老師，溝通了一下對(duì)gene name的看法，gene description 可能就是gene name ，我發(fā)現(xiàn)很多不一樣的序列號(hào)的gene description 是一樣的，那么我需要檢索一下序列號(hào)，看參考基因組描述的gene description 是否是一樣的?？垂臼欠裨谧⑨屔洗嬖趩栴}。String 只能選擇是斑馬魚，因?yàn)樵谟邢薜臈l件下這是最好的選擇。
聯(lián)系完公司，結(jié)果是我可以不糾結(jié)gene name 了，公司可以幫我做出PPI的數(shù)據(jù)，我自己再用cytoscape作圖。
cytoscape，是一款免費(fèi)且是開源的軟件，是做網(wǎng)絡(luò)互作關(guān)系最好用的軟件之一，有很多強(qiáng)大的功能。PPI 是其中之一。
此軟件的下載安裝需要java的環(huán)境，不能用可能是沒有安裝合適的java版本。
下載安裝好之后，在菜單欄app store安裝MCODE和centiScape 這兩個(gè)小軟件，用于后來對(duì)蛋白互作網(wǎng)絡(luò)中，蛋白的篩選。
誠(chéng)如我已經(jīng)有蛋白互作的表格了，表格里有蛋白、靶蛋白和互作得分。互作得分是string利用各種因素計(jì)算互作關(guān)系，并加權(quán)后的結(jié)果。（意思是我也不是很清楚。）如何已經(jīng)有這樣一個(gè)excel或txt表格了，那么我們 file-import-network-file 出現(xiàn)如下界面：點(diǎn)擊其中一個(gè)note protein的下拉箭頭
score 選擇的而是紫色的方向箭頭。靶心是node2。
選擇好蛋白、靶蛋白和相互關(guān)系的時(shí)候，會(huì)出現(xiàn)一個(gè)初始的蛋白互作網(wǎng)絡(luò)圖。如圖三所示，這時(shí)就需要我們對(duì)蛋白互作中的蛋白進(jìn)行篩選，1：去掉其中沒有相互作用的蛋白。
長(zhǎng)按shift+選中蛋白+delete。
接下來，我將按照?qǐng)D四簡(jiǎn)單的設(shè)置一下參數(shù)。
在style中選擇第二排第三個(gè)和目標(biāo)圖最像的style。
在style的node里設(shè)置node的大小與degree有關(guān)，選擇continus
如下圖所示：
在style-edge，按照節(jié)點(diǎn)之間的相互關(guān)系設(shè)置，edag的顏色。min和max的顏色，分別設(shè)置成了紅色和綠色。
最后，導(dǎo)出圖。file - export as image - 輸出PDF格式。 【因?yàn)檫@個(gè)是矢量圖?！?/p>
當(dāng)然到這里只是初步了解了一下cytoscape基礎(chǔ)的參數(shù)設(shè)置，那么有幾個(gè)問題：
1：我想要對(duì)連接超過20個(gè)以上的節(jié)點(diǎn)進(jìn)行篩選，怎么做？
2：能把這個(gè)圖分成幾個(gè)subnetwork嗎？
3：怎么加上圖例？
http://www.360doc.com/content/17/1024/17/46316053_697765378.shtml【centiScape插件關(guān)鍵參數(shù)的解釋。挺有用的?！?/p>
