1.初識R語言
R是用于統(tǒng)計分析、繪圖的語言和操作環(huán)境。R是屬于GNU系統(tǒng)的一個自由、免費、開源的軟件，它是一個用于統(tǒng)計計算和統(tǒng)計制圖的優(yōu)秀工具。R語言是主要用于統(tǒng)計分析、繪圖的語言和操作環(huán)境。 R本來是由來自新西蘭奧克蘭大學(xué)的Ross Ihaka和Robert Gentleman 開發(fā)。 （也因此稱為R）現(xiàn)在由“R開發(fā)核心團隊”負責開發(fā)。 R是基于S語言的一個GNU項目，所以也可以當作S語言的一種實現(xiàn)，通常用S語言編寫的代碼都可以不作修改的在R環(huán)境下運行。 R的語法是來自Scheme。
2.R軟件及Rstudio軟件下載及安裝
R軟件下載（https://www.r-project.org/），目前R軟件版本為R-3.5.1，但一般不推薦安裝最新R版本。
Rstudio軟件下載（https://www.rstudio.com/）,下載免費版本就行了。
一般先裝R軟件，然后在安裝Rstudio軟件，不然回報錯。
你也可以安裝不同的R版本，通過下面這個頁面切換不同的R版本。
R軟件.png
3.R包的安裝
一般來說R包的安裝從三個途徑安裝。一個是R語言官網(wǎng)安裝，使用install.packages("包的名字")或者從下面界面安裝
R
另外一種是從Bioconductor(https://www.bioconductor.org/)上安裝，生物信息學(xué)包多是采用這種方法安裝，使用以下命令安裝：
## try http:// if https:// URLs are not supported
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite(“包的名字”)
后面有一種情況就是包的作者未公開在Bioconductor或者R官網(wǎng)，而是房子gitub上面。采用devtool包來安裝，具體用法如下：
library(devtools)
install_githu("作者/包的名字")
實在不知道用那種方法安裝可以先google或者必應(yīng)搜索包的名字看看是怎么安裝的。
4.R軟件繪圖
R軟件
代碼區(qū)：
setwd("H:/head and neck cancer/GSEA/差異分析/10.GO")
library("clusterProfiler")
library("org.Hs.eg.db")
rt=read.table("id.txt",sep="\t",header=T,check.names=F)
#GO分析
kk <- enrichGO(gene = gene,OrgDb = org.Hs.eg.db, pvalueCutoff =0.05, qvalueCutoff = 0.05)
write.table(kk,file="GO.txt",sep="\t",quote=F,row.names = F)
#barplot
tiff(file="barplot.tiff",width = 20,height = 30,units ="cm",compression="lzw",bg="white",res=300)
barplot(kk, drop = TRUE, showCategory = 47)
dev.off()
報錯信息：
R
報錯信息是工作路徑未設(shè)置正確。
