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寫在前面

約莫一個月前，不知為何，突然收到好幾個朋友問了一些TBtools的使用問題。按照我個人的設(shè)想，TBtools的使用應(yīng)該不會存在使用問題。從開放使用至今，幾乎沒有停止過接受用戶的反饋和改進。感謝TBtools的用戶群體，大家一起讓TBtools成為更實用的生信下游數(shù)據(jù)分析外掛小工具。
然而，無論是我們?nèi)嗽俣啵l(fā)現(xiàn)的問題還是有限。而每個人的軟件使用習(xí)慣也有所不同，對于剛接觸生信流程化分析結(jié)果的朋友，尤其是濕實驗室的朋友，往往會不知所措，更或者耗費大量寶貴的時間在重復(fù)一些諸如

序列提取
韋恩圖繪制
熱圖繪制
GO富集分析/KEGG 通路富集分析

等繁雜而簡單的事情上。而這些分析目前均在TBtools上有一定程度的實現(xiàn)，因為他們的原理極其簡單，但是操作卻非常耗時。使用TBtools，用戶完全可以在極其短的時間內(nèi)掌握并使用。
而如何讓用戶盡可能短的時間內(nèi)，掌握TBtools的使用？是一直困擾我的問題，所以也有了前面開設(shè)的課程，見TBtools正式開課的推文，目前已征得已報名的朋友的統(tǒng)一，再招50人。
我們已經(jīng)開展了一次熱身課程和兩次課程（均有錄屏），接下來是要講到GO和KEGG注釋與富集分析。
而富集結(jié)果的可視化，終于在TBtools新的繪圖引擎更新（得益于課題組所需瀏覽器的開發(fā)）之后，可以非常方便的實現(xiàn)。故，我花了幾個小時的時間完成了其功能實現(xiàn)和GUI的接口開放。

GO 和 KEGG 的富集分析

其實最普遍的操作，只是一個超幾何分布的檢驗，更或者說，使用Fisher's Exact。TBtools很早就支持GO 和 KEGG的富集分析，以下僅展示使用的文件，而不會涉及這些文件的獲?。ㄒ驗橥F(xiàn)在大多數(shù)公司均提供非常廉價的分析服務(wù)，結(jié)題報告中有這些信息）。

GO 富集分析

需要準備三個文件

GO的層級結(jié)構(gòu)文件，即go-basic.obo，可直接從網(wǎng)站上下載，點擊摁鈕即可跳轉(zhuǎn)

obo文件下載
GO注釋的背景信息，query2Go.backGround，這個文件一般需要先通過GO注釋獲得，或者直接從公司的結(jié)題報告中整理獲得，大體格式如下

GO注釋背景示例圖
選擇集，如差異表達基因的ID列表，或者通過韋恩圖分析獲得的ID列表，如

選擇集列表