作者，Evil Genius 今天我們參考的文章來自Beyond genetics: driving cancer with the tumour microenvironm...
發(fā)簡信
IP屬地：北京
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癌癥的微環(huán)境和表觀遺傳驅(qū)動因素 -
CITE-seq：同時測細胞表面蛋白和RNA的單細胞測序單細胞測序方法和原理系列： 1. 單細胞轉(zhuǎn)錄組建庫原理：SMART、TargetAmp和10X genomics[http://m.itdecent.cn/p/6c5d...
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3.Single-cell sequencing in stem cell biology
Single-cell sequencing in stem cell biology 在哺乳動物早期胚胎中只有少量多能干細胞；組織特異性干細胞通常只有少量存在于特殊的組織和...
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cel格式的芯片原始數(shù)據(jù)處理
收到一個學生求助，得到空的表達矩陣，限于目前初學的狀態(tài)，處理原始數(shù)據(jù)比較困難，但又急用，這不，我來幫忙咯。 1.初步探索 表達矩陣確實是空的，不過附件里提供了cel格式的原始...
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芯片數(shù)據(jù)和RNA-seq的差異分析流程由于太久沒有分析過bulk數(shù)據(jù)了，前幾天突然被要求分析一個文章的數(shù)據(jù)時有點亂了手腳，所以在這里想總結(jié)一下關(guān)于芯片數(shù)據(jù)與seq數(shù)據(jù)的差異分析流程。 假如你是小白，也剛剛了解NG...
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德布魯因圖 (De Bruijn graph)在圖論[https://en.wikipedia.org/wiki/Graph_theory]中，m個符號的n維德布魯因圖是表示符號序列之間重疊的有向圖[https://en...
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關(guān)于readsCount、RPKM/FPKM、RPM(CPM)、TPM的理解
背景 feature 定義：基因組上對具有不同性質(zhì)區(qū)域的定義 (例如：gene/exon/intron/miRNA等)。 優(yōu)點：利于分類整理結(jié)果。 兩類測序bias 長度bi...
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轉(zhuǎn)錄組--STAR比對（可用于差異分析、可變剪接分析和call_SNP）
1 建索引 2 比對(若用于GATK，可不排序輸出sam文件) 1)常規(guī)比對（一次2個吧, 用于差異分析） 2-pass模式（用于RNA數(shù)據(jù)的GATK--call_snp） ...
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生信流程搭建（二）Ensembl數(shù)據(jù)庫下載常用參考序列與對應(yīng)的gtf文件、MT文件
在下載參考序列的時候遇到了很多大坑，對于一些不理解的版本信息，極力推薦去官網(wǎng)的ftp下載目錄中查看Readme文檔 一、下載參考序列fasta及注釋文件gtf、線粒體MT 人...
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最全Bedtools使用說明--只看本文就夠了1 Bedtools:一個強大的基因組算法工具集 Bedtools是由猶他大學昆蘭實驗室開發(fā)的基因組算法工具集，它堪稱是基因組分析工具中的瑞士軍刀。Bedtools可以對基因...
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bedtools的一個報錯：Received illegal bin number xxxxx from getBin call
在Biostars上找到了原因——https://www.biostars.org/p/129072/ 原來是坐標數(shù)值太大（也可以說是基因組size太大），超過了536,87...
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匯總 | 轉(zhuǎn)錄本表達矩陣 到 基因表達矩陣寫在前面 前天，我寫了一個 TBtools 插件，意在讓所有人都能自主分析轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)，進而獲得 基因表達量矩陣（TPM） 和 基因讀段計數(shù)矩陣（Count）。已經(jīng)提過了，...
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HiC相關(guān)概念總結(jié)前言 ??現(xiàn)在想來接觸HiC的數(shù)據(jù)也有幾個月的時間了，就想著總結(jié)一下關(guān)于HiC的一些特定名詞，下面一張圖基本完美詮釋了基因組的3D結(jié)構(gòu)以及分析時經(jīng)常見到的名詞： 轉(zhuǎn)載內(nèi)容 ?...
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DNA loop是什么——Loop結(jié)構(gòu)學習摸索了很久，在中文網(wǎng)沒有找到很理想的帶領(lǐng)小白入門三維基因組學的專題內(nèi)容，因此在學習的過程中想把這寫內(nèi)容記錄下來，希望對后來的像我這樣的學生能夠得到一些幫助。 隨著Hi-C...
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【生信】格式轉(zhuǎn)換：轉(zhuǎn)成bed及bed12格式
基因組注釋gtf文件或bed6文件轉(zhuǎn)bed12文件 上一篇詳細介紹了bed格式，尤其清楚的解釋了bed格式中的最后三列，這三列對于理解bed12格式轉(zhuǎn)換至關(guān)重要。 本文主要介...
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比較Hi-C數(shù)據(jù)分析的計算方法基于Hi-C數(shù)據(jù)的深層挖掘和多組學聯(lián)合分析已經(jīng)成為了三維基因組領(lǐng)域的重要組成部分。而工欲善其事必先利其器，夯實基礎(chǔ)方能壘砌高臺。染色質(zhì)構(gòu)象各個層級的識別和鑒定的準確性會直接影...
