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單細(xì)胞軟件學(xué)習(xí)--泛癌的TME細(xì)胞類型分類工具scATOMIC（single cell annotation of tumour microenvironments in pan-cancer ...一、背景簡(jiǎn)述 腫瘤微環(huán)境（Tumor micro-environment, TME）是指腫瘤細(xì)胞周圍異于正常內(nèi)環(huán)境的微環(huán)境，具有缺氧、慢性炎癥及...
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conda 環(huán)境中默認(rèn)加載libPath情況一般在conda創(chuàng)建的環(huán)境中，安裝R軟件是安裝在 miniconda3/env/your_env/lib/R/library 目錄，但是后期在安...
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生信分析 公共數(shù)據(jù)庫(kù) SRR 數(shù)據(jù)下載第一種，在EBI 查找，https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home[https://www.ebi.ac.uk...
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excel操作
批量取消隱藏的sheetAlt+F11，單擊插入，模塊，運(yùn)行 Sub ShowSheets()For Each Sheet In SheetsS...
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對(duì)SNP的VCF文件質(zhì)控篩選對(duì)SNP的VCF文件質(zhì)控篩選 1.vcfR簡(jiǎn)介 vcfR is a package intended to help visualize, ma...
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定量分析htseq
HTSeq使用注意事項(xiàng) 簡(jiǎn)述： HTSeq是轉(zhuǎn)錄組定量分析的軟件，其輸入文件必須有bam（sorted）和GTF文件。 一般情況下HTSeq得到...
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融合基因分析結(jié)果可視化融合基因，是指將兩個(gè)或多個(gè)基因的編碼區(qū)首尾相連,置于同一套調(diào)控序列(包括啟動(dòng)子、增強(qiáng)子、核糖體結(jié)合序列、終止子等)控制之下,構(gòu)成的嵌合基因，融合...
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MISO 可視化學(xué)習(xí)miso是一個(gè)可變剪接可視化軟件，對(duì)mRNA水平或者外顯子水平的可變進(jìn)行可視化； 官網(wǎng) https://miso.readthedocs.io/...
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hisat2比對(duì)
基因組比對(duì)軟件常用bwa，轉(zhuǎn)錄組比對(duì)軟件常用bowtie2、hisat2等，其中有參考基因組的常用hisat2，沒有參考基因組的常用bowtie...