運(yùn)行GATK時，報(bào)錯：java.lang.IllegalArgumentException: samples cannot be empty這個問題在GATK Forum有...
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GATK - Read groups
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fastq序列質(zhì)量Q30統(tǒng)計(jì)軟件
FaQCs 使用perl編寫，R畫圖。不僅可以統(tǒng)計(jì)質(zhì)量，Q30，還可以trim序列。安裝簡單準(zhǔn)備好兩個需要的perl 模塊,下載github上的文件，然后直接cd lib;....
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使用busco進(jìn)行基因組質(zhì)量評估BUSCO是一款使用python語言編寫的對轉(zhuǎn)錄組和基因組組裝質(zhì)量進(jìn)行評估的軟件。在相近的物種之間總有一些保守的序列，而BUSCO就是使用這些保守序列與組裝的結(jié)果進(jìn)行比對，鑒...
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啥時候能賺到100萬？
疫情突然襲來，好多實(shí)體店都關(guān)門了，原準(zhǔn)備也盤個店做點(diǎn)啥生意賺點(diǎn)錢呢，三年的疫情，現(xiàn)在沒有膽量去盤店了，深怕自己攜帶全家陷入泥潭無法自拔，還是保守點(diǎn)好了。 那么話說回來了，保守...
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生物信息軟件/流程dockerfile打包參考
生信軟件、流程依賴的東西太多，docker打包鏡像一不小心就是上Gb大小。 鏡像太大很多缺點(diǎn)：上傳、拉取慢；費(fèi)寬帶；占空間。。。 docker已廣泛應(yīng)用在IT，生信只是沾了點(diǎn)...
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微生物群落的安娜·卡列尼娜原則AKP預(yù)測微生物對擾動的反應(yīng)是微生物學(xué)的一個基本挑戰(zhàn)。大多數(shù)關(guān)于微生物組動力學(xué)的研究都集中于研究微擾使動物微生物群從健康狀態(tài)轉(zhuǎn)變?yōu)榉墙】捣€(wěn)定狀態(tài)的模式。 本文提出了另一種設(shè)想，即許...
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canu 組裝PacBio數(shù)據(jù)
基因組組裝的三個層次，contig, scaffold和chromosomes.contig表示從大規(guī)模測序得到的短讀(reads)中找到的一致性序列。組裝的第一步就是從短片...
