scanpy作為單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析工具,熟悉python的人應(yīng)該并不陌生。因其是為復(fù)雜的單細(xì)胞數(shù)據(jù)設(shè)計(jì)而來(lái),所以用于分析bulkRNA數(shù)據(jù)有點(diǎn)降維打擊的意思。利用軟件的框架優(yōu)勢(shì),...
scanpy作為單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析工具,熟悉python的人應(yīng)該并不陌生。因其是為復(fù)雜的單細(xì)胞數(shù)據(jù)設(shè)計(jì)而來(lái),所以用于分析bulkRNA數(shù)據(jù)有點(diǎn)降維打擊的意思。利用軟件的框架優(yōu)勢(shì),...
單細(xì)胞RNA測(cè)序極大地豐富了我們對(duì)細(xì)胞異質(zhì)性的認(rèn)識(shí)。然而,準(zhǔn)確的細(xì)胞類型標(biāo)注仍然是下游分析中的一個(gè)主要瓶頸。人工標(biāo)注耗時(shí)費(fèi)力,很大程度上依賴于專業(yè)的背景知識(shí),并且缺乏可重復(fù)性...
前面體驗(yàn)過(guò)OmicClaw,感覺還不錯(cuò),降低了分析數(shù)據(jù)對(duì)寫代碼的直接依賴。對(duì)于不會(huì)代碼的研究人員來(lái)說(shuō)確實(shí)是一種福音,用自然語(yǔ)言即可通過(guò)AI操控底層的分析代碼來(lái)分析數(shù)據(jù),真的是...
自從OpenClaw爆火以后,生信分析方向也有不少關(guān)于組學(xué)數(shù)據(jù)分析的大模型AI Agent。作為趕時(shí)髦的生信工程師,肯定要湊個(gè)熱鬧,感受一下AI Agent帶來(lái)的數(shù)據(jù)分析新范...
LIANA+ 是一個(gè)可擴(kuò)展的框架,能夠根據(jù)需要對(duì)現(xiàn)有方法和知識(shí)進(jìn)行調(diào)整和拓展,以研究單細(xì)胞、空間分辨率以及多模態(tài)組學(xué)數(shù)據(jù)中的細(xì)胞間通訊。它是 scverse 生態(tài)系統(tǒng)的一部分...
scverse是一個(gè)更廣泛的軟件包生態(tài)系統(tǒng),建立在scverse核心軟件包的基礎(chǔ)上。這些工具實(shí)現(xiàn)了模型和分析方法,以解決空間組學(xué)、調(diào)控基因組學(xué)、軌跡推斷、可視化等方面的問(wèn)題。...
單細(xì)胞基因組技術(shù)能夠?qū)缭綍r(shí)間和空間維度的數(shù)百萬(wàn)個(gè)細(xì)胞進(jìn)行多模態(tài)分析。然而,實(shí)驗(yàn)限制阻礙了對(duì)細(xì)胞在其天然時(shí)間動(dòng)態(tài)和空間組織生態(tài)位中的全面測(cè)量。最優(yōu)傳輸 (Optimal tr...
有些帖子里面預(yù)留了腳本的獲取方式,在后臺(tái)回復(fù)對(duì)應(yīng)的關(guān)鍵詞即可獲取,而相應(yīng)的關(guān)鍵詞也在內(nèi)容里面,大部分讀者都可以得到關(guān)鍵詞,但還是有些粉絲不清楚,這里統(tǒng)一說(shuō)明下。 比如在下面的...
最近這段時(shí)間“養(yǎng)龍蝦”很火,聽說(shuō)龍蝦可以接管一切,可以幫忙干活,聊聊天就把活干了,這誰(shuí)能忍住不嘗試一下。不過(guò),聽說(shuō)好像龍蝦并不好安裝,對(duì)初學(xué)者并不友好,因此有人提供付費(fèi)安裝服...