scanpy作為單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析工具，熟悉python的人應(yīng)該并不陌生。因其是為復(fù)雜的單細(xì)胞數(shù)據(jù)設(shè)計(jì)而來(lái)，所以用于分析bulkRNA數(shù)據(jù)有點(diǎn)降維打擊的意思。利用軟件的框架優(yōu)勢(shì)，...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：上海
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scanpy框架用來(lái)分析bulkRNA就是好用 -
AICelltype | 79個(gè)當(dāng)中表現(xiàn)最佳的大模型用于細(xì)胞類型注釋單細(xì)胞RNA測(cè)序極大地豐富了我們對(duì)細(xì)胞異質(zhì)性的認(rèn)識(shí)。然而，準(zhǔn)確的細(xì)胞類型標(biāo)注仍然是下游分析中的一個(gè)主要瓶頸。人工標(biāo)注耗時(shí)費(fèi)力，很大程度上依賴于專業(yè)的背景知識(shí)，并且缺乏可重復(fù)性...
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claw4science | 大模型分析數(shù)據(jù)的技能庫(kù)前面體驗(yàn)過(guò)OmicClaw，感覺還不錯(cuò)，降低了分析數(shù)據(jù)對(duì)寫代碼的直接依賴。對(duì)于不會(huì)代碼的研究人員來(lái)說(shuō)確實(shí)是一種福音，用自然語(yǔ)言即可通過(guò)AI操控底層的分析代碼來(lái)分析數(shù)據(jù)，真的是...
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OmicsClaw | 體驗(yàn)多組學(xué)分析人工智能研究助手自從OpenClaw爆火以后，生信分析方向也有不少關(guān)于組學(xué)數(shù)據(jù)分析的大模型AI Agent。作為趕時(shí)髦的生信工程師，肯定要湊個(gè)熱鬧，感受一下AI Agent帶來(lái)的數(shù)據(jù)分析新范...
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liana+ | 整合多種細(xì)胞通訊方法和數(shù)據(jù)庫(kù)，這樣的軟件確實(shí)好用LIANA+ 是一個(gè)可擴(kuò)展的框架，能夠根據(jù)需要對(duì)現(xiàn)有方法和知識(shí)進(jìn)行調(diào)整和拓展，以研究單細(xì)胞、空間分辨率以及多模態(tài)組學(xué)數(shù)據(jù)中的細(xì)胞間通訊。它是 scverse 生態(tài)系統(tǒng)的一部分...
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scverse | 單細(xì)胞組學(xué)分析工具任意選，不容錯(cuò)過(guò)的python生態(tài)社區(qū)scverse是一個(gè)更廣泛的軟件包生態(tài)系統(tǒng)，建立在scverse核心軟件包的基礎(chǔ)上。這些工具實(shí)現(xiàn)了模型和分析方法，以解決空間組學(xué)、調(diào)控基因組學(xué)、軌跡推斷、可視化等方面的問(wèn)題。...
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moscot | scanpy團(tuán)隊(duì)再發(fā)力，解決多時(shí)間點(diǎn)和空間限制下的細(xì)胞軌跡推斷單細(xì)胞基因組技術(shù)能夠?qū)缭綍r(shí)間和空間維度的數(shù)百萬(wàn)個(gè)細(xì)胞進(jìn)行多模態(tài)分析。然而，實(shí)驗(yàn)限制阻礙了對(duì)細(xì)胞在其天然時(shí)間動(dòng)態(tài)和空間組織生態(tài)位中的全面測(cè)量。最優(yōu)傳輸 (Optimal tr...
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腳本的關(guān)鍵詞應(yīng)該這么獲取
有些帖子里面預(yù)留了腳本的獲取方式，在后臺(tái)回復(fù)對(duì)應(yīng)的關(guān)鍵詞即可獲取，而相應(yīng)的關(guān)鍵詞也在內(nèi)容里面，大部分讀者都可以得到關(guān)鍵詞，但還是有些粉絲不清楚，這里統(tǒng)一說(shuō)明下。 比如在下面的...
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你的打工龍蝦上線了么？最近這段時(shí)間“養(yǎng)龍蝦”很火，聽說(shuō)龍蝦可以接管一切，可以幫忙干活，聊聊天就把活干了，這誰(shuí)能忍住不嘗試一下。不過(guò)，聽說(shuō)好像龍蝦并不好安裝，對(duì)初學(xué)者并不友好，因此有人提供付費(fèi)安裝服...
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