該如何系統(tǒng)性學(xué)習(xí)ggplot呢 如果你要從ggplot2開始一步步調(diào)制成為它這樣的美圖，需要下很深的功夫，一張統(tǒng)計(jì)圖就是從數(shù)據(jù)到幾何對象（點(diǎn)、線、條形等）的圖形屬性（顏色、形...
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ggplot 網(wǎng)站
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ggplot文字標(biāo)簽設(shè)置之ggrepel包在很多作圖中，我們都涉及過添加標(biāo)簽，例如火山圖，一般都是用ggrepel中的geom_text_repel函數(shù)。構(gòu)建一個(gè)散點(diǎn)圖。 需要標(biāo)簽的點(diǎn)整理一個(gè)單獨(dú)的文件，直接使用ge...
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單細(xì)胞原始SRA數(shù)據(jù)下載
擬下載10X基因組數(shù)據(jù)GSE134520，該數(shù)據(jù)集對應(yīng)的SRA編號為SRP215370 這個(gè)數(shù)據(jù)集一共測了9個(gè)病人的單細(xì)胞數(shù)據(jù)（包括了3個(gè)淺表性胃炎、3個(gè)慢性萎縮性胃炎、6個(gè)...
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NBIS系列單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析實(shí)戰(zhàn)（七）：空間轉(zhuǎn)錄組分析第七節(jié)：空間轉(zhuǎn)錄組分析 在本節(jié)教程中，我們將學(xué)習(xí)空間轉(zhuǎn)錄組的一些分析方法。10X Visium平臺的空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)在許多方面是類似于scRNA-seq數(shù)據(jù)的，它包含5-20個(gè)...
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空間轉(zhuǎn)錄組簡介與數(shù)據(jù)分析
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小提琴圖之ggplot_split_violin()及gghalves包參考 代碼來源Split Violin Plot for ggplot2 · GitHub[https://gist.github.com/Karel-Kroeze/7466...
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使用pheatmap包繪制熱圖加載所需R包 設(shè)置工作路徑 構(gòu)建測試數(shù)據(jù)集 將熱圖結(jié)果按聚類后的順序輸出 轉(zhuǎn)載來自：作者：Davey1220鏈接：http://m.itdecent.cn/p/1c55...
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當(dāng)所有細(xì)胞基因表達(dá)量相同時(shí)如何更好的可視化？
繪制FeaturePlot時(shí)，遇到基因在所有細(xì)胞中表達(dá)水平相同展示效果不理想的情況，本文引入函數(shù)tryCatch()旨在解決上述問題，并將警告信息保存到日志文件中便于后續(xù)追蹤...
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這個(gè)世界流行離開，但我們卻不擅長告別
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R | RStudio-server 配置
RStudio-server合集 R | RStudio-server 安裝[http://m.itdecent.cn/p/fc944bd4e925] R | RStu...
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空間轉(zhuǎn)錄組第五講：10x spaceranger aggr合并多個(gè)樣本
10x空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)跑完Space Ranger之后都會生成單個(gè)樣本的cloupe.cloupe文件，這個(gè)文件可以用Loupe Browser來對單個(gè)樣本進(jìn)行可視化，Loup...
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空間轉(zhuǎn)錄組第四講：最詳細(xì)的10x空間轉(zhuǎn)錄組summary網(wǎng)頁報(bào)告解讀
一般我們拿到10x空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析的結(jié)果最先看的肯定是web_summary網(wǎng)頁報(bào)告，因?yàn)閺倪@個(gè)結(jié)果里面我們大概就能判斷你的數(shù)據(jù)好不好，不好的問題在哪里，數(shù)據(jù)到底能不能用等...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組及空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)資源
(1). 單細(xì)胞上游軟件cellranger：單細(xì)胞上游軟件cellranger從頭說[http://m.itdecent.cn/p/9a09f7ad9d93] (2)...
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Shell中的${ }、#、##、%、%%使用范例
范例 假設(shè)定義了一個(gè)變量為，【代碼如下】: file=/dir1/dir2/dir3/my.file.txt 可以用${ }分別替換得到不同的值： ${file#*/}：刪掉...
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linux BLAST序列比對
安裝本地blast序列比對軟件，我們可以搜索一個(gè)查詢序列定制數(shù)據(jù)庫，例如想研究一個(gè)新測序的基因組，或者感興趣的一組蛋白質(zhì)序列。有時(shí)我們希望把程序插入到一個(gè)流程中，例如搜索一個(gè)...
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兩幅圖疊加_ggplot2
參考書《R數(shù)據(jù)科學(xué)》 ggplot2支持圖層疊加，可以直接添加多個(gè)幾何對象函數(shù) 舉例：疊加散點(diǎn)圖和平滑曲線圖 geom_smooth() 函數(shù)中的局部數(shù)據(jù)參數(shù)會覆蓋ggplo...
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R語言繪圖002-頁面布局par()、layout()、split.screen()函數(shù)
par()、layout()、split.screen()函數(shù) 1. par()函數(shù)的參數(shù)詳解 函數(shù)par()可以用來設(shè)置或者獲取圖形參數(shù)，par()本身（括號中不寫任何參數(shù)...
