先收藏下，數(shù)學(xué)不好的我，還要再看看 譜聚類（spectral clustering）是廣泛使用的聚類算法，比起傳統(tǒng)的K-Means算法，譜聚類對數(shù)據(jù)分布的適應(yīng)性更強(qiáng)，聚類效果...
發(fā)簡信
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譜聚類 -
R語言_par()函數(shù)用法
前言:微博參與話題 #給你四年時間你也學(xué)不會生信# 轉(zhuǎn)載自：R語言做圖plot參數(shù)更多參考：R語言中plot()函數(shù)里的6種邊框R中設(shè)置圖形參數(shù)--函數(shù)par()詳解 圖形參...
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WGCNA實例分析及解讀（附代碼）WGCNA分析基于兩個假設(shè)：1.相似表達(dá)模式的基因可能存在共調(diào)控、功能相關(guān)或處于同一通路，2.基因網(wǎng)絡(luò)符合無尺度分布?；谶@兩點，可以將基因網(wǎng)絡(luò)根據(jù)表達(dá)相似性劃分為不同的模塊...
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WGCNA
加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)資料集錦： 1.https://mp.weixin.qq.com/s/LvlBt_gCLEyxrpGkKkkIZA 寫在前面：大家黏貼復(fù)制代碼的時候一定注意...
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R數(shù)據(jù)格式轉(zhuǎn)換劉小澤寫于2018.8.27-28我們?nèi)粘Ｊ褂肦一般不會使用它的編程工作（即寫R包的任務(wù)），許許多多的的生信函數(shù)、統(tǒng)計軟件也都是現(xiàn)成的，我們要做的最繁瑣、最耗時的工作就是對數(shù)...
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數(shù)據(jù)框data.frame----行名/列名
假設(shè)有三組數(shù)據(jù)： weight = c(150, 135, 210, 140)height = c(65, 61, 70, 65)gender = c("Fe","Fe","...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)筆記-10-乳腺癌領(lǐng)域之PAM50分類劉小澤寫于19.7.8-第二單元第八講：乳腺癌領(lǐng)域之PAM50分類筆記目的：根據(jù)生信技能樹的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組課程探索smart-seq2技術(shù)相關(guān)的分析技術(shù)課程鏈接在：http:/...
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GEO數(shù)據(jù)挖掘小嘗試：（三）利用clusterProfiler進(jìn)行富集分析clusterProfiler 是業(yè)界大神Y叔寫的一個R包，可以用來做各種富集分析，如GO、KEGG、DO（Disease Ontology analysis）、Reacto...
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【r<-差異分析】當(dāng)使用limma時，它在比較什么
差異分析流程示例與資料 基因芯片的差異表達(dá)分析主要有 構(gòu)建基因表達(dá)矩陣、構(gòu)建實驗設(shè)計矩陣、構(gòu)建對比模型（對比矩陣）、線性模型擬合、貝葉斯檢驗和生成結(jié)果報表 六個關(guān)鍵步驟。 下...
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5分鐘看懂KEGG代謝通路圖
做過轉(zhuǎn)錄組的同學(xué)肯定對KEGG代謝通路圖不陌生，今天就跟大家分享怎么看懂KEGG代謝通路圖，ko、map等開頭的代謝圖有啥區(qū)別？里面的點、線、不同顏色都代表什么含義。 KEG...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)筆記-8-聚類算法之PCA與tSNE劉小澤寫于19.7.5-第二單元第六講：聚類算法之PCA與tSNE 筆記目的：根據(jù)生信技能樹的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組課程探索smart-seq2技術(shù)相關(guān)的分析技術(shù)課程鏈接在：http:...
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請問，是哪篇推文
ensembl_id轉(zhuǎn)換之兩種方法比較
一個基因在不同的數(shù)據(jù)庫有不同的名字：1.Entrez gene ID：我們一般說的Gnen ID即Entrez gene ID，是用一串?dāng)?shù)字表示的（在NCBI里面用）2.Ge...
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離散和連續(xù)
離散和連續(xù)的概念 屬性的幾種類型 1.標(biāo)稱屬性： 即與名稱有關(guān)，標(biāo)稱屬性的值是一些符號或事物的名稱。每個取值代表某種類別、或狀態(tài)。 舉個例子：對于人的頭發(fā)顏色這個屬性可能...
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大數(shù)據(jù)的讀取
大數(shù)據(jù)的讀取 因為從Xena上下載的甲基化數(shù)據(jù)太大，在讀取時遇到點麻煩，特定查了下有沒有什么方法可以只讀取一部分，整理如下 大家有什么好的方法，敬請告知~ SCANscan讀...
