一下內(nèi)容完全來自徐老師的朋友圈 【網(wǎng)上學堂】分子植物育種和科技英語寫作（徐云碧）【Online Courses】Molecular Plant Breeding and Sc...
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中國農(nóng)科院徐云碧老師的一些講座
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R語言做冗余分析（RDA）的一個簡單小例子冗余分析（redundancy analysis, RDA）自己之前也聽過，好像是生態(tài)學研究中用的比較多，主要是用來探索環(huán)境和一些樣本指標之間的關系。最近自己在看一些群體遺傳...
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冗余分析（RDA）——R包vegan從概念上講，冗余分析（redundancy analysis, RDA）是響應變量矩陣與解釋變量矩陣之間多元多重線性回歸的擬合值矩陣的PCA分析，也是多響應變量（multi-...
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核心種質(zhì)篩選| 種質(zhì)資源保育的好幫手種質(zhì)資源是品種改良、新品種培育及遺傳工程的物質(zhì)基礎，野生近緣品種和古老的地方品種隨著長時間的自然選擇及人工培育，逐漸形成獨特的優(yōu)良性狀和抵御自然災害的特性的新品種。種質(zhì)資源越...
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學習筆記<br>研究方向: 植物群體遺傳學<br>
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潛在因素混合模型：LFMM—— R包lfmm在自然群體（區(qū)別于強人工選擇）中，如果我們感興趣的數(shù)量性狀表現(xiàn)出與特定的地理環(huán)境變量有高度的關聯(lián)性，隨著環(huán)境變量的改變而變化，則這些環(huán)境變量往往反映了環(huán)境作用于個體表型的選擇...
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2023-04-07
重測序分析-使用GATK進行SNP和INDEL檢測 GATK 是 Broad 開發(fā)的用于二代測序數(shù)據(jù)變異檢測的軟件，后續(xù)推廣到動植物研究中，是目前最廣泛使用的變異檢測軟件。本...
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2023-04-06
將二代測序短 reads 比對到參考基因組上，并進行排序和去重復 的等處理，用于后續(xù)的變異檢測。 part 1 軟件和數(shù)據(jù)準備 軟件：bwa samtools picard ...
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群體遺傳中基于SNP的PCA分析
基于群體遺傳中變異信息文件VCF來分析PCA 第一種方法 可以使用plink軟件直接進行分析 plink --vcf all_genotypegvcf_filter_remo...
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SNP數(shù)據(jù)的AMOVA分析 和 Mantel分析一 AMOVA分析 1 將 VCF 轉換為 arp 格式，定義population PGDspider軟件 2 導入Alrequin 并定義group 3 starting ...
