hello,大家好,今天周一,做一個簡單的匯總,主要針對基因集打分,無論是單細(xì)胞還是空間,基因集打分都很普遍,方法也很多,我們來總結(jié)一下。 研究背景 在單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序中,整...
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NMF算法簡介 非負(fù)矩陣分解(Non-negative Matrix Factorization, NMF)的思想可以描述為,對于任意給定的一個非負(fù)矩陣V,NMF算法能夠找到...
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組的出現(xiàn)加快了細(xì)胞類型多樣性的研究,以及一些稀有細(xì)胞類型的發(fā)現(xiàn)。但是,細(xì)胞類型的注釋則因為不同數(shù)據(jù)集以及不同分析方法的原因差異較大。如何來驗證細(xì)胞類型注釋的真?zhèn)?,?..
原文鏈接:https://my.oschina.net/u/4503882/blog/4511789[https://my.oschina.net/u/4503882/blo...
??最近一直在學(xué)習(xí)單細(xì)胞方面的知識,無意中看到別人的帖子在分享如何畫堆疊的小提琴圖(StackedVlnPlot),順便就學(xué)習(xí)了一下。發(fā)現(xiàn)StackedVlnPlot圖確實看...
日常瞎掰 ??scRNA-seq數(shù)據(jù)聚類后會使用UMAP或者TSNE圖來展示細(xì)胞分群結(jié)果。對于畫這類降維圖,Seuart包就可以輕松實現(xiàn)。不過,好像大家并不滿足于Seuart...
單細(xì)胞測序方法和原理系列: 1. 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組建庫原理:SMART、TargetAmp和10X genomics[http://m.itdecent.cn/p/6c5d...
熱圖注釋 前面我們介紹了如何繪制聚類熱圖,在這一節(jié)我們將介紹如何添加注釋 熱圖的注釋是聚類熱圖的重要組成部分,能夠?qū)釄D的行、列附加信息添加到熱圖中。 ComplexHeat...
挖掘公共單細(xì)胞數(shù)據(jù)集時,會遇到常見各種單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)格式?,F(xiàn)總結(jié)如下,方便自己日后調(diào)用,以創(chuàng)建Seurat對象(1)barcodes.tsv.gz、features.tsv....