hello，大家好，今天周一，做一個簡單的匯總，主要針對基因集打分，無論是單細(xì)胞還是空間，基因集打分都很普遍，方法也很多，我們來總結(jié)一下。 研究背景 在單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序中，整...
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IP屬地：甘肅
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10X單細(xì)胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）基因集打分方法匯總
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非負(fù)矩陣分解（NMF）應(yīng)用于scRNAseq的細(xì)胞分群NMF算法簡介 非負(fù)矩陣分解(Non-negative Matrix Factorization, NMF)的思想可以描述為，對于任意給定的一個非負(fù)矩陣V，NMF算法能夠找到...
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細(xì)胞類型重復(fù)性驗證----MetaNeighbor（1）單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組的出現(xiàn)加快了細(xì)胞類型多樣性的研究，以及一些稀有細(xì)胞類型的發(fā)現(xiàn)。但是，細(xì)胞類型的注釋則因為不同數(shù)據(jù)集以及不同分析方法的原因差異較大。如何來驗證細(xì)胞類型注釋的真?zhèn)?，?..
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limma 包的normalizeBetweenArrays和其他數(shù)據(jù)矯正方法原文鏈接：https://my.oschina.net/u/4503882/blog/4511789[https://my.oschina.net/u/4503882/blo...
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scRNAseq || 堆疊小提琴圖(StackedVlnPlot)的4種實現(xiàn)方式??最近一直在學(xué)習(xí)單細(xì)胞方面的知識，無意中看到別人的帖子在分享如何畫堆疊的小提琴圖(StackedVlnPlot)，順便就學(xué)習(xí)了一下。發(fā)現(xiàn)StackedVlnPlot圖確實看...
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tidydr | 一行代碼搞定小坐標(biāo)系日常瞎掰 ??scRNA-seq數(shù)據(jù)聚類后會使用UMAP或者TSNE圖來展示細(xì)胞分群結(jié)果。對于畫這類降維圖，Seuart包就可以輕松實現(xiàn)。不過，好像大家并不滿足于Seuart...
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CITE-seq：同時測細(xì)胞表面蛋白和RNA的單細(xì)胞測序單細(xì)胞測序方法和原理系列： 1. 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組建庫原理：SMART、TargetAmp和10X genomics[http://m.itdecent.cn/p/6c5d...
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R 數(shù)據(jù)可視化 —— 聚類熱圖 ComplexHeatmap(二)注釋熱圖注釋 前面我們介紹了如何繪制聚類熱圖，在這一節(jié)我們將介紹如何添加注釋 熱圖的注釋是聚類熱圖的重要組成部分，能夠?qū)釄D的行、列附加信息添加到熱圖中。 ComplexHeat...
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Seurat包之導(dǎo)入單細(xì)胞數(shù)據(jù)方式匯總挖掘公共單細(xì)胞數(shù)據(jù)集時，會遇到常見各種單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)格式?，F(xiàn)總結(jié)如下，方便自己日后調(diào)用，以創(chuàng)建Seurat對象（1）barcodes.tsv.gz、features.tsv....
