更多內(nèi)容請訪問個人公眾號---KS科研分享與服務--- 接上節(jié)（跟著Cell學單細胞轉錄組分析(二):單細胞轉錄組測序文件的讀入及Seurat對象構建[http://mp.w...
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跟著Cell學單細胞轉錄組分析(三):單細胞轉錄組數(shù)據(jù)質控（QC）及合并去除批次效應
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R 實現(xiàn)方差分析
對于組數(shù)高于2組的，t檢驗不再適用，這時，方差分析適用 單因子方差分析（one-way ANOVA）We use the data,cholesterol,作為例子 完全隨機...
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PPI網(wǎng)絡實戰(zhàn):String加Cytoscape聯(lián)手挖掘PPI網(wǎng)絡
歡迎關注”生信修煉手冊”! 在之前的文章中，我們提到利用網(wǎng)絡聚類算法可以從復雜的蛋白質網(wǎng)絡中挖掘蛋白復合體或者相應的功能模塊，其中MCODE算法是最常用的挖掘蛋白復合體的算法...
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用cytoscape畫網(wǎng)絡圖經(jīng)常看到文章中有那種好漂亮的網(wǎng)絡圖，偶也想自己畫一個呢，但是不會咋整呢？ 別急，今天本椒就分享一下用cytoscape畫互作網(wǎng)絡圖！ 看一遍就會啦。。。還不會！那就多看幾遍哈...
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Cytoscape作蛋白互作PPI圖由于之前提到軟件版本的問題，所以以下分享是基于Cytoscape3.7.2的~ step1：導入string_interactions.tsv 文件，法1：load； 法2：...
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已經(jīng)做完GO enrichment,例如david結果, ggplot2可視化有一些已經(jīng)做完了GO enrichment, 得到了結果，才發(fā)現(xiàn)很多軟件都是直接給gene list做富集。如果已經(jīng)完成分析，照樣可以畫圖，代碼如下： 原始文件示例：Anno...
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R包clusterProfiler: 轉換ID、GO/KEGG富集分析參考這篇ID轉換不用怕，clusterProfiler幫你忙這篇詳細講了無參考基因組該怎么辦，值得一看 簡單介紹一下幾種常用的ID：Ensemble id：一般以ENSG開頭...
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2019-11-12 聽課筆記之蛋白質組學研究方法概述（下）轉發(fā)自http://crickcollege.com/news/169.html 寫在前面從10月底開始，由克里克學院與康昱盛主辦的蛋白質組學網(wǎng)絡大課堂正式開班了，整個課程由...
