轉(zhuǎn)錄因子 (transcription factors, TFs) 是直接作用于基因組，與特定DNA序列結(jié)合 (TFBS/motif) ，調(diào)控DNA轉(zhuǎn)錄過程的一類蛋白質(zhì)。轉(zhuǎn)錄...
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scRNA-Seq | SCENIC 推斷基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)和細胞類型 -
scRNA-Seq | 單細胞功能注釋和富集分析(GO、KEGG、GSEA)一、多個亞群各自marker基因聯(lián)合進行GO以及KEGG分析 在前面幾節(jié)我們已經(jīng)知道各個細胞亞群的 marker 基因，接下來我們對這些marker基因進行功能注釋和富集分析...
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ArchR官網(wǎng)教程學(xué)習(xí)筆記11:鑒定Marker峰系列回顧：ArchR官網(wǎng)教程學(xué)習(xí)筆記1：Getting Started with ArchR[http://m.itdecent.cn/p/a2bcdfb77961]A...
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Seurat中FindMarker尋找兩個cell type差異基因的若干方法加載示例數(shù)據(jù) 1.運行Seurat 2.差異分析計算logFC值 其中：對象 cells cells包括兩種cell type的細胞barcodes（即每一個單獨的細胞）對象...
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10X單細胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）數(shù)據(jù)分析之NMF尋找轉(zhuǎn)錄programshello，大家好，今天我們分享的內(nèi)容來自文章Spatially organized multicellular immune hubs in human colorecta...
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scCustomize：自定義可視化你的單細胞數(shù)據(jù)（二）簡介 scCustomize是一個單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)可視化的R包，里面集合了一些常用的數(shù)據(jù)可視化方法，可以與Seurat包進行很好的聯(lián)用，支持Seurat，LIGER和SCE等...
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10X單細胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）通訊分析之CellChathello，大家好，今天我們來分享一下細胞通訊的文章CellChat，其實有關(guān)這個軟件已經(jīng)有了很多的文章來介紹了，2020年的6月份我和Cellchat的作者聊過一次，當時感...
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iTALK---單細胞受配體互作分析及可視化（詳細版教程）今天我們說一說另外一種---iTALK，iTALK也在很多文章中出現(xiàn)過，原理是基于受配體平均表達量。它有兩個優(yōu)點，第一是可以比較差異受配體，第二是可視化比較好，我們可以借用借...
