最近真的有點(diǎn)倒霉，骨折了，已經(jīng)躺了好多天，所有的事情都暫停了下來。 可能這就是命運(yùn)吧，讓我老老實(shí)實(shí)呆在家中，哪里也去不了。 北京之行也直接中斷了，好在已經(jīng)把EigenGWAS...
發(fā)簡信
IP屬地：浙江
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2021-06-11 EigenGWAS 用在哪里比較好
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一顧傾人城， 再顧傾人國
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一文看懂AlphaFold2&3輸出結(jié)果的json文件內(nèi)容2024年諾貝爾化學(xué)獎(jiǎng)揭曉，一半授予大衛(wèi)·貝克（David Baker），以表彰他在計(jì)算蛋白質(zhì)設(shè)計(jì)領(lǐng)域的卓越貢獻(xiàn)；另一半則由德米斯·哈薩比斯（Demis Hassabis）和...
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Batch SMART 最強(qiáng)序列特征[結(jié)構(gòu)域]預(yù)測軟件寫在前面 前天，在學(xué)位論文的完善中，有兩個(gè)疑似ERF成員始終令我困擾。植物轉(zhuǎn)錄因子中有個(gè)超家族AP2，包括兩個(gè)亞家族，一個(gè)也叫AP2，另一個(gè)叫ERF。前者往往含有兩個(gè)AP2結(jié)...
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Alphafold2的conda版本的本地使用
由于xx原因，需要用Alphafold2的conda版本的本地版本。所以花了兩三天終于把a(bǔ)lphafold2的conda本地版本給安裝上了，主要是下載數(shù)據(jù)比較麻煩和費(fèi)時(shí)間，總...
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學(xué)會perl或python，自己寫代碼修改
‘NSBS’ for signature 'SortedByQueryHits'
兩種原因，ChIPseeker會出現(xiàn)如下報(bào)錯(cuò) ‘unable to find an inherited method for function ‘NSBS’ for sig...
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NCBI下載SRA數(shù)據(jù)的4種方法??作為生命科學(xué)的從事者，不論是老師或者學(xué)生都應(yīng)該用過NCBI((National Center for Biotechnology Information Search d...
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2020-02-11 “慢”談遺傳度 01如果不談公式，什么是遺傳度？ 從一個(gè)困擾的問題開始 是否你們也曾被這樣一個(gè)問題困擾：找對象。找對象難、狗糧難咽已經(jīng)成了當(dāng)代年輕人，哦不，中年人時(shí)常掛在嘴邊的話題。 不知道今年...
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‘NSBS’ for signature 'SortedByQueryHits'
兩種原因，ChIPseeker會出現(xiàn)如下報(bào)錯(cuò) ‘unable to find an inherited method for function ‘NSBS’ for sig...
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@蘇點(diǎn)點(diǎn) Power值是為了冪次運(yùn)算后使數(shù)據(jù)復(fù)合冪律分布，而是否符合冪律分布是通過判斷l(xiāng)og10運(yùn)算后的連通值與頻數(shù)是否線性相關(guān)判定的，并用決定系數(shù)R2作為判斷指標(biāo)。注意，1，這個(gè)過程是充分不必要條件，某些情況下R2很高，但是逆運(yùn)算后數(shù)據(jù)不符合冪律分布，例如y=ax+b，a=0；2，歸回模型可能受到某個(gè)或幾個(gè)權(quán)重點(diǎn)的干擾，使R2很高。所以，power為1時(shí)，R2=0.9應(yīng)該謹(jǐn)慎看待，建議繪制Histogram of K條形圖和log10(K) ~ log10(p(K))散點(diǎn)圖觀察power為1時(shí)數(shù)據(jù)的具體分布。
另外，對數(shù)據(jù)進(jìn)行高冪次運(yùn)算后可以使最初相關(guān)系數(shù)區(qū)分更加明顯，從這個(gè)角度說power選為1也是不合適的。
針對你的數(shù)據(jù)來說，如果你用signed網(wǎng)絡(luò)，power可以用20，如果用unsigned網(wǎng)絡(luò)，power人為定義為9。WGCNA 挑選軟閾值
我們今天就搞清楚這兩個(gè)問題：1.什么是無尺度分布2.手工計(jì)算軟閾值 無尺度分布 假如我問大家，如果你想認(rèn)識世界上的任何一個(gè)人，需要通過幾個(gè)人來聯(lián)系？ 6個(gè)。 這個(gè)就是6度分隔...
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@youyi 不清楚
MethylKit 使用手冊
methylKit是一個(gè)用于分析DNA甲基化測序數(shù)據(jù)的R包，其核心功能是差異甲基化分析和差異甲基化位點(diǎn)/區(qū)域的注釋。 1. 加載原始數(shù)據(jù) DNA甲基化文件格式如下: 每一行是...
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參考常見問答6
WGCNA 挑選軟閾值
我們今天就搞清楚這兩個(gè)問題：1.什么是無尺度分布2.手工計(jì)算軟閾值 無尺度分布 假如我問大家，如果你想認(rèn)識世界上的任何一個(gè)人，需要通過幾個(gè)人來聯(lián)系？ 6個(gè)。 這個(gè)就是6度分隔...
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使用bed12格式
MethylKit 使用手冊
methylKit是一個(gè)用于分析DNA甲基化測序數(shù)據(jù)的R包，其核心功能是差異甲基化分析和差異甲基化位點(diǎn)/區(qū)域的注釋。 1. 加載原始數(shù)據(jù) DNA甲基化文件格式如下: 每一行是...
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TBtools | 全基因組特征標(biāo)記可視化 - 太簡單！寫在前面 全基因組層面可視化特征標(biāo)記（如基因位點(diǎn)），從文字標(biāo)簽到圖形標(biāo)簽。文字標(biāo)簽應(yīng)該是三四年前實(shí)現(xiàn)的。圖形標(biāo)簽，Emmm，事實(shí)上，這個(gè)功能已經(jīng)實(shí)現(xiàn)了太久，以至于我自己只記得...
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太厲害了
IGV-基因組瀏覽器-改造記錄（四）
寫在前面 前述，我們已經(jīng)對IGV進(jìn)行了超過三次改造，同時(shí)我也寫了三個(gè)推送。寫IGV改造系列推送的主要原因，事實(shí)是作為課題組成員使用改造的IGV時(shí)的參考教程。在上一次RNAfo...
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IGV-基因組瀏覽器-改造記錄（四）寫在前面 前述，我們已經(jīng)對IGV進(jìn)行了超過三次改造，同時(shí)我也寫了三個(gè)推送。寫IGV改造系列推送的主要原因，事實(shí)是作為課題組成員使用改造的IGV時(shí)的參考教程。在上一次RNAfo...
