7月做進化樹 首先用prank比對獲得比對后的fas文件然后在iqtree2中建樹獲得phy文件 得到phy文件后到figtree中可視化，然后用iQTL進行美化測試了三種比...
發(fā)簡信
IP屬地：北京
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生物信息學數(shù)據(jù)庫導航
生物信息作為計算機與生物的交叉學科，最近幾年也受到的大家的關注，因此關于生物信息的數(shù)據(jù)庫越來越多。由于大部分主要為發(fā)文章的需求，因此部分數(shù)據(jù)庫并不穩(wěn)定，沒人維護后部分的生物信...
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GO, KEGG, GSEA, WGCNA, and so on...
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收集一些生物信息學的分析流程的文章。感謝這些簡友整理的生信分析流程！ 如果簡友投稿沒有被我收入專題，可能是我沒看到或者收入到其他針對性更強的專題中了。望見諒！ ???????????????????????? 文章的收錄是有順序的，查看的時候請點擊“最新收錄”然后進行查看。 ?? 全基因組測序(WGS)分析 ?? 轉錄組分析RNA-seq的分析流程 ?? 染色質免疫共沉淀技術ATAC-Seq、ChIP-Seq分析 ?? 單細胞scRNA-seq分析 ?? 癌癥的預后標志物查找 ?? 系統(tǒng)發(fā)育演化進化樹構建與分析 ?? 群體遺傳學分析 ?? 全基因組關聯(lián)分析(GWAS) ?? 基因家族的分析 ?? 甲基化測序與分析 ?? KEGG/GO功能富集分析 ?? 圖形繪制具體細節(jié)的比如熱圖、曼哈頓圖的繪制等 ?? python、perl、R的包的使用過程 ?? 具體工具的使用，比如GATK的使用過程 ?? 數(shù)據(jù)庫的挖掘方法，比如TCGA數(shù)據(jù)庫的使用 ?? 另外就是整個文章走下來的流程 ?? ?? ??
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生信技能樹：https://vip.biotrainee.com/ Openbiox： https://community.openbiox.org/ 公眾號：優(yōu)雅R 生物數(shù)據(jù)分析QA，技術文檔與博客，需要你的參與。 ……………………………… 歡迎在簡書創(chuàng)作和做筆記的生信學習者、愛好者以及相關編程人員加入本專題，貢獻你的文字，無論是原創(chuàng)還是筆記，我們需要你，將本專題打造為生信知識寶庫、交流平臺。 內(nèi)容可以是對生物信息學與算法知識相關資源的收集、整理，以及原創(chuàng)筆記： * R * Python * Perl * Linux 工具與編程 * 繪圖 * 統(tǒng)計 * 計算生物學 * 各類算法 * 機器學習
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有重復樣本RNA-seq count數(shù)據(jù)分析寫在前面： 分析之前需要兩個文件文件1：countMatrix.txt數(shù)據(jù)，其中存儲著實驗組與對照組的基因表達的count值（行是基因，列是樣本名）同時注意如果數(shù)據(jù)里面有缺失...
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學習筆記2021-10-181.權限問題 無法對文件進行操作，顯示Permission denied輸入 ll 查看，發(fā)現(xiàn)文件缺少可執(zhí)行權限解決方法：chmod 777 file 2.文件不存在 錯誤提...
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解決安裝軟件中出現(xiàn)的問題vdb-config --interactive下載數(shù)據(jù)需解壓時安裝fastq-dump，結果報錯，linux提示需先運行vdb-config interactiveimag...
