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從參考基因組快速讀取指定序列
介紹 faidx 是FASTA 和 FASTQ 文件的隨機(jī)讀取索引。 描述 fai index 一般以文件名增加.fai 后綴，作為文件的名稱。...
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NGS Mapping 軟件 Bowtie 算法介紹簡(jiǎn)介 Bowtie是目前流行的一款DNA、RNA 序列比對(duì)軟件，開(kāi)源免費(fèi)。Bowtie的技術(shù)路線基于BWT-FM。BWT-FM 法對(duì)內(nèi)存的消耗很...
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NGS 數(shù)據(jù)mapping 算法簡(jiǎn)介
簡(jiǎn)介 取得測(cè)序序列信息后，在有參考基因的情況下我們通過(guò)Mapping 到參考基因組進(jìn)行后續(xù)分析；沒(méi)有則重頭拼接序列。 一般而言，基因組的組裝將比...
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htslib 的使用( C++ 處理BAM文件）
背景 在處理NGS 數(shù)據(jù)時(shí)，尤其是突變的檢測(cè)。我們需要對(duì)bam 文件進(jìn)行讀寫。 目前有相對(duì)方便的庫(kù) pysam 和 htsjdk ，這兩個(gè)庫(kù)提供...
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NGS 中 DNA?damage?的鑒別背景 這是一篇文獻(xiàn)（DNA damage is a major cause of sequencing errors, directly con...
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IGV 自定義Reads 顏色目的 IGV 經(jīng)常被用于可視化檢查NGS測(cè)序數(shù)據(jù)，尤其提供給人直觀的突變信息，大量應(yīng)用于腫瘤診斷行業(yè)以及NGS的科研領(lǐng)域中。 在腫瘤診斷領(lǐng)域，對(duì)...
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Pysam BAM操作SAM/BAM/CRAM files class pysam.AlignmentFile filepath_or_object 既可以是 文件路...
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Python replace 函數(shù)增加正則支持
Python 的 replace 方法沒(méi)有正則功能，所以對(duì)字符串的替換有局限。 re 模塊的 re.sub 可以利用正則進(jìn)行字符替換，但是使用...