導(dǎo)讀 使用 HUMAnN2（The HMP Unified Metabolic Analysis Network 2）進(jìn)行宏基因組學(xué)分析。 HUMAnN2 在宏基因組研究中非...
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HUMAnN2 宏基因組分析 | 小白版 -
@86782b1712c8 你好。你搜索一下“markdown 代碼”
R使用筆記：相關(guān)系數(shù):cor.test();corr.test();rcorr()
本次筆記內(nèi)容：cor.test()和cor()rcorr() {Hmisc}corr.test() {psych}spearmanCI() {spearmanCI} spea...
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@一條生物狗 你好。我覺得如果一定要使用corr,那應(yīng)該還是得矯正的。但是這么大的數(shù)據(jù)，我對(duì)correlation是否能夠很好的描述他們的關(guān)系感到懷疑=_= 你要不要考慮先降維，然后再看維度之間的關(guān)系...?
R使用筆記：相關(guān)系數(shù):cor.test();corr.test();rcorr()
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jupyter在使用conda創(chuàng)建虛擬環(huán)境后使用時(shí)遇到的問(wèn)題我是在conda中創(chuàng)建了一個(gè)虛擬環(huán)境jupyter_notebook但是在jupyter中查看使用時(shí)并不是這個(gè)虛擬環(huán)境，然后就去查資料，連接conda和jupyter的有兩三...
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@煙塵花鎖眉 你好。我建議你可以不要+1，而是+一個(gè)很小的數(shù)，比方說(shuō)0.0001什么的，就不至于出現(xiàn)0的情況。我做16S是這樣的，不知道是否適合，你可以試試。
R使用筆記：相關(guān)系數(shù):cor.test();corr.test();rcorr()
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@煙塵花鎖眉 我不是老師。不客氣。
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@煙塵花鎖眉 另外我剛剛請(qǐng)教了同事：需要標(biāo)準(zhǔn)化的理由大致可能是
“a core challenge is the small number of samples in typical HTS experiments – often as few as two or three replicates per condition. Inferential methods that treat each gene separately suffer here from lack of power, due to the high uncertainty of within-group variance estimates. ”
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https://doi.org/10.1186/s13059-014-0550-8R使用筆記：相關(guān)系數(shù):cor.test();corr.test();rcorr()
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@煙塵花鎖眉 您好。如果是原始的基因表達(dá)矩陣，那應(yīng)該是需要一個(gè)類似標(biāo)準(zhǔn)化的操作。像16S里OTU table的relative abundance那樣。但是具體用哪一種，可能要根據(jù)你自己的數(shù)據(jù)來(lái)確定。這個(gè)我了解不多了。
R使用筆記：相關(guān)系數(shù):cor.test();corr.test();rcorr()
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@Nimo和他的小丑魚 您好。corr.test的結(jié)果（文章中的示例是cortest_psy_sdj）不是一個(gè)matrix或者dataframe。在這個(gè)文章里用$將其p值和r提取了出來(lái)。你可以用$p, $r 或者[['p']] [['r']] , 這樣出來(lái)才是dataframe
R使用筆記：相關(guān)系數(shù):cor.test();corr.test();rcorr()
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個(gè)人介紹
成立于2016年7月，趙國(guó)屏生物信息實(shí)驗(yàn)室目前主要從事人群微生物組，微生物基因組進(jìn)化和臨床微生物流行病學(xué)的生物信息學(xué)分析，包括基因組數(shù)據(jù)的管理、基因組的比較和進(jìn)化分析、微生物組數(shù)據(jù)的機(jī)器學(xué)習(xí)和微生物流行病學(xué)模型的應(yīng)用。