Dada 2 流程 DADA2數(shù)據(jù)處理不以序列相似度聚類，只進(jìn)行去重（或相當(dāng)于以100%序列相似度聚類），生成的是以ASV為單元的表格；Vsearch數(shù)據(jù)處理與Usearch...
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Qiime2 (三)-DADA2降噪（Denoise）流程 -
R: adonis進(jìn)行permannovaadonis文檔：https://www.rdocumentation.org/packages/vegan/versions/2.4-2/topics/adonis[htt...
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通過ggplot2中stat_summary函數(shù)快速進(jìn)行數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)如何靈活，快速地可視化置信區(qū)間、標(biāo)準(zhǔn)誤差以及變量的均值和中位數(shù) 本節(jié)將詳細(xì)介紹stat_summary函數(shù)的應(yīng)用,喜歡的小伙伴可以關(guān)注我的公眾號R語言數(shù)據(jù)分析指南[https...
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基于GO-Figure快速繪制GO富集氣泡圖
GO-Figure! 是一個(gè)基于pyhton寫的GO富集小軟件，方便我們拿到富集結(jié)果后直接使用命令行的形式進(jìn)行可視化，繪制出具有靈活性、可重復(fù)性的圖形，且可基于最新的GO數(shù)據(jù)...
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利用massdatabase包提取物種KEGG通路與基因/化合物對應(yīng)信息
最近手頭處理一批代謝組數(shù)據(jù), 想基于幾十個(gè)關(guān)鍵差異代謝物代謝物進(jìn)行下KEGG富集，能想到有兩種方式解決，一種常用方式就是基于MetaboAnalyst在線富集，另一種就是解析...
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利用abbrevr包批量輸出期刊縮寫有時(shí)候用endnote導(dǎo)入文獻(xiàn)后顯示的是期刊全稱，而用到縮寫時(shí)候就需要去一些網(wǎng)站上一個(gè)個(gè)搜索，比如CASSI[https://cassi.cas.org/search.jsp...
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R語言繪制組間比較散點(diǎn)圖并自動(dòng)添加P值信息
查詢ggprism包使用時(shí)候發(fā)現(xiàn)官網(wǎng)給出的一示例圖比較常用，這里記錄學(xué)習(xí)一下。 加載R包準(zhǔn)備數(shù)據(jù) 注意兩個(gè)細(xì)節(jié)： tools::toTitleCase可以替換字符中每個(gè)單詞的...
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宏基因組之基因豐度計(jì)算目前有兩種方式可計(jì)算宏基因組基因的豐度，一種是基于比對，比如bwa,bowtie,soapaligner等主流的比對軟件，另一種是不比對快速估計(jì)基因豐度，可以用近倆年來流行的...
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分析菌群基因水平轉(zhuǎn)移的信息學(xué)工具-MetaCHIP文章介紹 1| 標(biāo)題：MetaCHIP: community-level horizontal gene transfer identification through th...
