高通量測序又稱NGS，重新定義了基因組學(xué)研究。近年來，NGS技術(shù)穩(wěn)步發(fā)展，伴隨著成本下降以及測序應(yīng)用呈指數(shù)增加。本文，我們研究了影響測序文庫質(zhì)量的關(guān)鍵因素，以及，在DNA來源...
IP屬地：北京
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二代測序文庫構(gòu)建-概述與挑戰(zhàn)（1） -
10×單細(xì)胞測序分析練習(xí)（一）目前單細(xì)胞測序獲取細(xì)胞的方法主要有兩種：（1）Smart-seq：測序細(xì)胞量少(因為一次通過一個細(xì)胞)，但是測序的reads數(shù)多；（2）Drop-seq(10X )：可以測許...
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Python基本操作
1.文件讀取與寫入 with open(somefile) as f,是比較推薦的讀取文件時的字段，可自動關(guān)閉文件，避免因為程序崩潰未及時寫入； 內(nèi)置函數(shù)readlines，...
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Python下載TCGA數(shù)據(jù)-1（自己搗鼓版本）
磕磕絆絆基本學(xué)明白了R，現(xiàn)在用python下載和處理（文件名對應(yīng)TCGA barcode），主要是通過任務(wù)帶一下自己對python的學(xué)習(xí)； 準(zhǔn)備說明 一共3個腳本，分別為va...
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ONENOTE 插入代碼
下載notehighlightReleases · elvirbrk/NoteHighlight2016 · GitHub[https://github.com/elvirb...
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如果GEO數(shù)據(jù)集的表型信息部分串列了
最近搜到GSE21653,提取臨床信息部分，發(fā)現(xiàn)，多個行出現(xiàn)了，列之間串掉了； 本來是把整個下載到的.gz文件解壓后，在txt部分作了更改，但發(fā)現(xiàn)串的行數(shù)還挺多的；覺得，gr...
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時間有點(diǎn)久了，我沒有太注意哈
硬著頭皮往下走PCA|GSEA
Paper：Tumor Evolution and Drug Response in Patient-Derived Organoid Models of Bladder C...
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Could not resolve host: raw.githubusercontent.com
用github上的包，一直報錯。安裝也報錯了，下載安裝包后，手動進(jìn)行了安裝；示例數(shù)據(jù)在github上，就一直報錯。話不多說，上解決方案。 情境 環(huán)境：Windows 7，無法...
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「r<-小技巧」顯示英文錯誤
最近 Windows 用的很多，經(jīng)?？吹礁鞣N亂碼文字，讓人看不懂意思。 比如在構(gòu)建 R 包時： 當(dāng)然這里影響不大。但如果是一些重要的報錯信息，那可就不行。 所以建議還是使用英...
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轉(zhuǎn)錄因子富集分析1。首先去下面的這個網(wǎng)站http://software.broadinstitute.org/gsea/msigdb/collections.jsp#C3 2.下載tft文件...
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碎碎念-拐個彎的GEO處理
如果R下載網(wǎng)速不快，可以考慮wget -c下載壓縮包;1)現(xiàn)在windows10 應(yīng)用商城有ubuntu的可兼容版本，適用了下，很好用；2)git版本，git bash he...
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STRING-Cytoscape以下用大量截圖展示 1.不明覺厲 The STRING database in 2017: quality-controlled protein–protein associ...
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R里遇到的小傲嬌-always to be continued
1.for 與 png（） for and png 對富集到的結(jié)果用goplot展示，又想把BP、CC、MF分開進(jìn)行繪制；于是用for循環(huán)進(jìn)行，但每次的圖都是空白；需要在pn...
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比對其實(shí)就是如此fastq1和fastq2特定的cluster的序列 @SRR8980088.3 fastq的identifier基于此可以找到下機(jī)數(shù)據(jù)中該編號對應(yīng)的序列； fastq在SA...