生信工作者。
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：田納西州
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【r<-生信|芯片分析】Bioconductor分析基因芯片數(shù)據(jù)我2017年用的域名失效了，我之前那個(gè)網(wǎng)站也沒用了，所以這篇文章之前提供的鏈接跳轉(zhuǎn)不過去。我現(xiàn)在直接在簡(jiǎn)書提供全文，然后新的鏈接是：https://www.shixiangw...
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如果你知道去哪﹐全世界都會(huì)為你讓路
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Affymetrix 芯片數(shù)據(jù)處理流程及原理簡(jiǎn)介版權(quán)所有，轉(zhuǎn)載必究！ 本文作者:任紅雷, 聯(lián)系郵箱: renhongleiz@126.com 本文整理自個(gè)人匯報(bào)的PPT 首先，本文將結(jié)合代碼講解常用的Affymetrix ...
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【r<-ggplot2】cowplot介紹原作者： Claus O. Wilke翻譯：王詩(shī)翔 2018-07-15 cowplot是ggplot2包的一個(gè)簡(jiǎn)單插件，它的目的是為ggplot2提供一個(gè)出版級(jí)別的主題，使...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析|| scanpy教程：可視化套件單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析|| scanpy教程：預(yù)處理與聚類 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析|| scanpy教程：PAGA軌跡推斷 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析|| scanpy教程：使用ing...
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單細(xì)胞測(cè)序（scRNA-seq）通關(guān)||數(shù)據(jù)處理必知必會(huì)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析系列教程 sc-RAN-seq 數(shù)據(jù)分析||Seurat新版教程:Guided Clustering Tutorial[https://www.jians...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析|| scanpy教程：預(yù)處理與聚類scanpy 是一個(gè)用于分析單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組（single cell rna sequencing)數(shù)據(jù)的python庫(kù)，文章2018發(fā)表在Genome Biology。其實(shí)它的...
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周運(yùn)來(lái)，男，長(zhǎng)大了才會(huì)遇到的帥哥，穩(wěn)健，瀟灑，大方，靠譜。一段生信緣，一棵技能樹。生信技能樹核心成員，單細(xì)胞天地供稿人，簡(jiǎn)書創(chuàng)作者，單細(xì)胞數(shù)據(jù)科學(xué)家。
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【exec】shell腳本中的 exec 命令exec 是 bash 的內(nèi)置命令 shell 的內(nèi)件命令exec執(zhí)行命令時(shí)，不啟用新的shell進(jìn)程。 source 和 .不啟用新的shell，在當(dāng)前shell中執(zhí)行，設(shè)...
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gtf轉(zhuǎn)bed
gtf需要sort不？ 需要特定工具轉(zhuǎn)是因?yàn)間tf的起始坐標(biāo)為1 bed的起始坐標(biāo)為0 【1】sort的話：用igv的sort功能 conda install igvtool...
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Trim Galore ——自動(dòng)檢測(cè)adapter的質(zhì)控軟件之前分析過的測(cè)序數(shù)據(jù)，數(shù)據(jù)質(zhì)量都很好，給了我一個(gè)錯(cuò)覺質(zhì)控的前后差別不是很大，內(nèi)心里對(duì)質(zhì)控這一步也就不是很重視，跑完質(zhì)控有時(shí)也懶得看結(jié)果，拿到一批測(cè)序數(shù)據(jù)后，也總是忽略了去看測(cè)...
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第10篇：ATAC-Seq、ChIP-Seq、RNA-Seq整合分析
由于基因表達(dá)調(diào)控機(jī)制的復(fù)雜性，多種組學(xué)數(shù)據(jù)的整合分析，從不同的層面探究生物問題越來(lái)越重要。從RNA-Seq層面，我們可以探究哪些基因具有顯著差異，上調(diào)或下調(diào)；從ChIP-Se...
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第9篇：差異peaks分析——DiffBind學(xué)習(xí)目標(biāo) 學(xué)習(xí)用DiffBind流程評(píng)估兩個(gè)樣本間的差異結(jié)合區(qū)域 用PCA評(píng)估樣本間的關(guān)系 評(píng)估不同工具得到的差異peaks的一致性 評(píng)估差異peaks富集的工具 ATAC-...
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第3篇：用MACS2軟件call peaks學(xué)習(xí)目標(biāo)： 學(xué)會(huì)用MACS2 call peaks 理解MACS2 call peaks的結(jié)果 Peak Calling Peak calling即利用計(jì)算的方法找出ChIP...
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生物基礎(chǔ)知識(shí)-CDS、ORF、啟動(dòng)子、終止子、轉(zhuǎn)錄因子、UTR劉小澤寫于2020.2.8大概回顧一下基礎(chǔ)知識(shí) 一：ORF與CDS ORF：open reading frame（開放閱讀框） 它是理論上的蛋白編碼區(qū)，一般是先在DNA序列中...
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第1篇：ATAC-seq的背景介紹以及與ChIP-Seq的異同ATAC-Seq簡(jiǎn)介 ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput seq...
