1、LD連鎖不平衡介紹 （1）LD連鎖不平衡介紹 連鎖不平衡指的是在某一群體中，兩個(gè)基因同時(shí)遺傳的頻率大于隨機(jī)組合的頻率。 用于衡量連鎖不平衡程度的指標(biāo)主要有D、D'和r2三...
發(fā)簡(jiǎn)信
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群體進(jìn)化分析--基因流及群體歷史分析——我愿稱之為史上最全基因流（也稱基因遷移）是指從一個(gè)物種的一個(gè)種群向另一個(gè)種群引入新的遺傳物質(zhì)，從而改變?nèi)后w“基因庫(kù)”的組成。通過(guò)基因交流向群體中引入新的等位基因，是遺傳變異一個(gè)非常重要的來(lái)源，...
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10.GWAS：LD decay(LD衰減）—— PopLDdecay關(guān)于連鎖不平衡的詳細(xì)介紹在之前的帖子里有說(shuō)過(guò)，這里就不再贅述，本篇主要介紹LD decay的計(jì)算。1.GWAS：原理與目的 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)[https:...
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混合（Pooling）樣本測(cè)序研究1.混合測(cè)序基礎(chǔ) 測(cè)序成本雖然下降了，但對(duì)于植物育種應(yīng)用研究來(lái)說(shuō)還是很高，動(dòng)不動(dòng)就上百群體，小小植物個(gè)體價(jià)值又低，測(cè)完了很可能后面就用不到了。這時(shí)，混合樣本測(cè)序是一種省錢的好...
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FDR 和 q-value
| 轉(zhuǎn)載自G. Corey Shan 的 FDR 和 q-value 最近在做一個(gè)肝癌預(yù)測(cè)的項(xiàng)目，建模使用的數(shù)據(jù)源在The Cancer Genome Atlas (TCGA...
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跟著Nature Communications學(xué)作圖:R語(yǔ)言ggplot2畫世界地圖并用md語(yǔ)法添加文字標(biāo)簽論文 MiDAS 4: A global catalogue of full-length 16S rRNA gene sequences and taxonomy for ...
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Perl單行（Perl One-Liners）命令
Perl語(yǔ)言的一大好處就是，在日常處理各種小任務(wù)時(shí)，可以利用Perl單行的各種內(nèi)置變量和參數(shù)快捷實(shí)現(xiàn)。本文記錄平時(shí)做分析時(shí)常用的perl內(nèi)置變量、基本參數(shù)和一些常用命令。 個(gè)...
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跟著GlobalChangeBiology學(xué)作圖:R語(yǔ)言ggplot2點(diǎn)線圖(2)給分面添加注釋論文 Changes in plant inputs alter soil carbon and microbial communities in forest 本地pdf ...
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【R語(yǔ)言】R包dplyr(一):數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換
日常在工作中會(huì)碰到很多數(shù)據(jù)批量處理的問(wèn)題，有的時(shí)候單獨(dú)造輪子很費(fèi)時(shí)間，這個(gè)時(shí)候我發(fā)現(xiàn)了dplyr這個(gè)R包，能幫助你解決數(shù)據(jù)處理中的絕大多數(shù)難題。dplyr是tidyverse...
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