在單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析中，在確定細(xì)胞類型后，除了可以進(jìn)行差異表達(dá)基因分析外，還可以針對單個細(xì)胞類型進(jìn)行分析特定分析，這時就需要我們提取細(xì)胞子集分開處理了。 一、Seurat數(shù)據(jù)格式...
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Seurat取子集時會用到的函數(shù)和方法 -
單細(xì)胞測序——髓系細(xì)胞注釋marker主要根據(jù)文獻(xiàn)中的描述與方法 髓系細(xì)胞分類 巨噬細(xì)胞，單核細(xì)胞，DC細(xì)胞 文獻(xiàn)一：Single-cell landscape of the ecosystem in early...
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單細(xì)胞marker整理
##20220423 ESCC_marker plasma： IGHG3、IGHG1、MZB1 JCHAIN B： CD79A、MS4A1、IGHM、CD19、CD79A、C...
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clustree ： 聚類可視化利器我們知道在研究問題時，分組是很重要的，有分組才有故事可講。比如，兩塊田一塊施肥一塊不施肥，可以做比較嘛。在單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析中用到較多的數(shù)據(jù)分組技術(shù)是聚類（clustering）...
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使用bismark進(jìn)行甲基化分析并使用IGV對結(jié)果進(jìn)行可視化Bismark是進(jìn)行甲基化分析過程中常用到的軟件，可以將bisulfite處理后的測序reads比對到參考基因組上，得到參考基因組相應(yīng)位置的甲基化水平。 我的甲基化數(shù)據(jù)為WG...
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Bismark Bisulfite Mapper學(xué)習(xí)筆記（二）甲基化信息提取以及文件解讀(IV)Bismark甲基化提取 Bismark附帶一個補充的bismark_methylation_extractor腳本，它對Bismark結(jié)果文件進(jìn)行操作，并對每個C進(jìn)...
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Bismark Bisulfite Mapper學(xué)習(xí)筆記（一）數(shù)據(jù)預(yù)處理官方手冊（2020 Sep更新）https://github.com/FelixKrueger/Bismark/tree/master/Docs[https://github...
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DNA甲基化數(shù)據(jù)分析全流程
2021-01-01 更新 簡單記錄一下平時的分析過程 和RNA-seq前期流程類似 -- 質(zhì)控、去接頭、比對參考基因組、排序 后期就是要提取甲基化位點，包括CpG、CHG、...
