使用的是R包glmnet 函數(shù),有些時(shí)候由于方法不收斂可以增加迭代次數(shù),使得模型收斂。 log_res<-glm(pheno~PRS,family=binomial(link...
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copynumber 是一個(gè)功能強(qiáng)大拷貝數(shù)分析工具,這里僅限于自己用的的部分功能,看到可用hg38版本,就嘗試運(yùn)行了一下,識(shí)別CNV break points。
最近安裝tensorflow 總是很慢,找了幾個(gè)鏡像,自己備份一下,在linux 服務(wù)器上安裝時(shí),記得用https pip3 install --user -i http...
在安裝時(shí),使用conda 進(jìn)行安裝, conda install -y breakdancer 安裝完,運(yùn)行 bin/bam2cfg.pl 報(bào)錯(cuò) 是沒(méi)有安裝這個(gè)Statist...
cd ~ 為個(gè)人home 目錄目錄下很多文件: 記得改目錄權(quán)限不然,會(huì)出現(xiàn)問(wèn)題chmod 700 -R .sshcd ~/.ssh/cat id_rsa.pub >> au...
最近要開(kāi)始做一個(gè)分類器,因此,參考了幾篇文獻(xiàn),并在自己的數(shù)據(jù)上進(jìn)行了測(cè)試,可用。1. 數(shù)據(jù)當(dāng)然了,需要準(zhǔn)備兩個(gè)數(shù)據(jù)集合,一個(gè)數(shù)據(jù)集合作為訓(xùn)練集合(train_dat),另一個(gè)...
要玩圖,離不開(kāi)哈德雷大神的《R數(shù)據(jù)科學(xué)》,第1章和21章是專門(mén)講圖的,我寫(xiě)過(guò)對(duì)應(yīng)的筆記:http://m.itdecent.cn/p/4a154f6f0de7https...
1.Mutation load 腫瘤突變負(fù)荷 2.新抗原負(fù)荷(Neoantigen load) 配對(duì)樣本的全外的.bam數(shù)據(jù),第一步通過(guò)POLYSOLVER tool工具對(duì)每...