使用的是R包glmnet 函數(shù)，有些時(shí)候由于方法不收斂可以增加迭代次數(shù)，使得模型收斂。 log_res<-glm(pheno~PRS,family=binomial(link...
IP屬地：廣東
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logistic 模型構(gòu)建
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copynumber
copynumber 是一個(gè)功能強(qiáng)大拷貝數(shù)分析工具，這里僅限于自己用的的部分功能，看到可用hg38版本，就嘗試運(yùn)行了一下，識(shí)別CNV break points。
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pip install 鏡像
最近安裝tensorflow 總是很慢，找了幾個(gè)鏡像，自己備份一下，在linux 服務(wù)器上安裝時(shí)，記得用https pip3 install --user -i http...
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breakdancer-CNV
在安裝時(shí)，使用conda 進(jìn)行安裝， conda install -y breakdancer 安裝完，運(yùn)行 bin/bam2cfg.pl 報(bào)錯(cuò) 是沒(méi)有安裝這個(gè)Statist...
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qsub 免密碼投遞任務(wù)cd ~ 為個(gè)人home 目錄目錄下很多文件： 記得改目錄權(quán)限不然，會(huì)出現(xiàn)問(wèn)題chmod 700 -R .sshcd ~/.ssh/cat id_rsa.pub >> au...
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機(jī)器學(xué)習(xí)分類方法小結(jié)
最近要開(kāi)始做一個(gè)分類器，因此，參考了幾篇文獻(xiàn)，并在自己的數(shù)據(jù)上進(jìn)行了測(cè)試，可用。1. 數(shù)據(jù)當(dāng)然了，需要準(zhǔn)備兩個(gè)數(shù)據(jù)集合，一個(gè)數(shù)據(jù)集合作為訓(xùn)練集合（train_dat），另一個(gè)...
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在火山圖上標(biāo)記基因要玩圖，離不開(kāi)哈德雷大神的《R數(shù)據(jù)科學(xué)》，第1章和21章是專門(mén)講圖的，我寫(xiě)過(guò)對(duì)應(yīng)的筆記：http://m.itdecent.cn/p/4a154f6f0de7https...
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免疫基因組指標(biāo)的計(jì)算（6個(gè)）1.Mutation load 腫瘤突變負(fù)荷 2.新抗原負(fù)荷（Neoantigen load） 配對(duì)樣本的全外的.bam數(shù)據(jù)，第一步通過(guò)POLYSOLVER tool工具對(duì)每...
