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文獻(xiàn)閱讀集錦 | 泛基因組
2023 年 Nature Genetics | 橙超級泛基因組揭示柑橘屬和柑橘亞科植物起源并鑒定調(diào)控果實(shí)檸檬酸積累的關(guān)鍵基因[https://...
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11 篇 Science 連發(fā)！解析基因組的關(guān)鍵之處，揭示人類健康和疾病的相關(guān)信息導(dǎo)讀 從兩克重的大黃蜂到重達(dá)數(shù)噸的鯨魚，地球上存在著包括人類在內(nèi)的豐富的物種，在過去的漫長時間里，它們幾乎適應(yīng)了地球上的所有環(huán)境。其中，哺乳動物...
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MODA創(chuàng)刊號｜未來農(nóng)業(yè)的100個重要問題在農(nóng)業(yè)問題上，世界正處于一個十字路口。全球人口持續(xù)增長，對食品的需求也在不斷增加，這給我們的農(nóng)業(yè)資源和實(shí)踐帶來了巨大壓力和挑戰(zhàn)。因此，我們在全球...
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scRNA-Seq | 多樣本Seurat+CCA整合一、前言 左邊的圖簡單地把多個單細(xì)胞的數(shù)據(jù)合并在一起，不考慮去除批次效應(yīng)，樣本之間有明顯的分離現(xiàn)象。右邊的圖是使用算法校正批次效應(yīng)，不同的樣本基...
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scRNA-Seq | 單細(xì)胞亞群合并與提取本文涉及：亞群合并，亞群提取，亞群細(xì)分，亞群抽樣 一般來講，不同亞群的細(xì)胞具有不同的功能，因此亞群分析對于研究十分重要，會影響后續(xù)分析結(jié)果。 進(jìn)...
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scRNA-Seq | SCENIC 推斷基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)和細(xì)胞類型轉(zhuǎn)錄因子 (transcription factors, TFs) 是直接作用于基因組，與特定DNA序列結(jié)合 (TFBS/motif) ，調(diào)控D...
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scRNA-Seq | Seurat的三種單細(xì)胞數(shù)據(jù)整合方法匯總（批次校正）
適用背景 單細(xì)胞數(shù)據(jù)由于實(shí)驗(yàn)平臺或樣本等原因會造成不同數(shù)據(jù)集之間存在批次效應(yīng)，這種批次效應(yīng)是人為因素造成的，沒有實(shí)際的生物學(xué)意義，可能對研究結(jié)果...
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scRNA-Seq | Seurat 打通單細(xì)胞常規(guī)流程Seurat standard pipeline(10核心流程) 創(chuàng)建Seurat對象 Read10X CreateSeuratObjecet質(zhì)...
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scRNA-Seq | Seurat 包原理解析seurat 涉及的數(shù)據(jù)分析包括很多步驟。之前只顧著干活兒，也沒有系統(tǒng)的整理過分析中的具體內(nèi)容。這里就參照網(wǎng)上大神們分享的帖子，來梳理一下。 一...