CellPhoneDB作為出鏡率很高的細胞互作分析工具，也是大家公認的。網上有很多教程，按理說在自己單細胞系列也應該出一個教程，但是由于CellPhoneDB是基于pytho...
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一文解決Cellphonedb單細胞互作分析及可視化作圖（1） -
細胞間通訊教程|| cellphonedb 及其可視化細胞配受體通識以及常見細胞分泌信號通路[http://m.itdecent.cn/p/df4721d29a91]CellChat：細胞間相互作用分析利器[https:/...
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基因功能富集方法和基因注釋數據庫介紹1. 兩種基因功能富集方法介紹 名詞解釋：1. 基因功能富集分析：包括過表達分析ORA、功能分類打分FCS、基于同路拓撲結構PT和基于網絡拓撲結構NT和基因富集分析GSEA。...
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CRISPR-Cas9基因編輯2--gRNA設計（下）簡介和前期文章 我對之前的所有教程進行了再次詳細的總結CRISPR-Cas9基因編輯之背景介紹及gRNA設計（上） 前言： 在上一次文章中，我們已經得到了在線工具設計的sgR...
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學好統(tǒng)計，我10分鐘就完成了別人服務器通宵才完成的分析果子老師做過一個非常驚人的舉動，用DESeq2處理1225例樣本的TCGA數據，在沒有使用DESeq多線程參數parallel的情況下，跑了將近40個小時。 那么問題來了，在...
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轉錄組完整的ID轉換：biomaRt和gtfID轉換過程中會有基因丟失這件事情，在部分做干實驗的人看來，是非常正常的。但不做干實驗的濕實驗人知道這件事，心里可能會有疙瘩。為什么要丟失呢？為什么丟失了不補回來？ 在分析結...
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技術重復和生物學重復1.技術重復 同一個樣品測多次。例如給某伙計取血樣，測5次基因表達量 能得到的信息 1.這伙計精確的基因表達量2.基因表達量測量方法的準確程度(看多次測量的重復性好不好) 使...
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單細胞實戰(zhàn)(5)：復現擬南芥單細胞文章中的數據（1）前言 目前我的課題是植物方面的單細胞測序，所以打算選擇植物類的單細胞測序數據進行復現，目前選擇了王佳偉老師的《A Single-Cell RNA Sequencing Pro...
